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handsome1984

铁虫 (小有名气)

[求助] Fosmid文库大片段的阳性克隆子筛选和测序问题

大家好,有人构建过Fosmid大片段约40Kb左右的基因组文库吗?筛选阳性克隆可以用特异性引物PCR筛选吗?另外测序是怎么测呢?是提取质粒DNA直接测?片段太大了,好像测不了啊。
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小白的桥段

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by jinpeng_6118 at 2012-11-16 19:15:30
你提取的DNA质量很重要的,片段尽量大,且尽量去除里面的腐殖酸杂质,提DNA的试剂盒买好点的,提完之后DNA进行乙醇沉淀一次(进一步洗脱杂质和浓缩DNA),操作过程注意些...

非常感谢回复。我还有一下疑问请教:
我的DNA是提取后用低熔点琼脂糖纯化过一次,用DNA浓度测定仪检测浓度为5000ng/ul,A260/A280=2.072, A260/A230=2.423,这个参数应该是可以的吧。DNA的大小>40kb,我没有大的Marker,用试剂盒带的conrtrol DNA和λ/Hind III 做的marker,有图片。条带从左到右分别是:λ/Hind III (15ul),conrtrol DNA(2.5ul),未剪切样品,剪切500次样品。后面两个是师妹的,片段比我的小。胶破损了,所以有那个长长的亮带。
问题来了,普通的λ/Hind III 可以用来做脉冲吗?总感觉23K的那条带和conrtrol DNA离得太近了。我的片段这么大的,不做剪切直接补平可以吗?上次做的时候还做了切胶回收,从23K带的上边缘切到conrtrol DNA带的上边缘。我看您说片段越大越好,那您的意思是不用切胶回收也可以的吗?
平板涂布后第三天菌落才长出来。据说氯霉素要皮实些不会很快失效,请问一般在37度能维持几天呢?我用原液做的宿主侵染,比率也扩大一倍,用了20ul,最后得到了大约900多个克隆。
侵染后浓度滴定实验时,用不同的稀释浓度涂布,生长状况差不多,10的负1次方和10的负5次方生长的菌落数相差不大,30-50个左右。
以上就是目前碰到的一些问题,说的多,不知道您能不能看明白,还请您不吝赐教。多谢。

11.9脉冲.jpg

8楼2012-11-21 10:37:06
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查看全部 19 个回答

药剂缘分天空

新虫 (小有名气)

感谢参与,应助指数 +1
scelab: 应助指数-1, 应助指数 -1.禁止恶意应助 2012-10-13 15:51:27
不管怎样,抢个沙发。。。。。。
2楼2012-10-13 15:44:45
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hippo_li

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你所谓的阳性克隆是指什么呢?是指含有你目的基因片段的克隆?如果是,那当然可以用目的基因的特异性引物进行筛选。
这个测序不是用常规引物测序的,要用类似测基因组序列的测序方法,例如鸟枪法或者454等。你跟测序公司联系,他们会告诉你,一般送要测序的克隆的菌液就可以。
3楼2012-10-14 19:29:45
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我就做宏基因组学的,构建过十几个Fosmid文库吧
人生百态原为海,看破红尘方为岸!
4楼2012-10-15 18:44:02
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