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lpz610金虫 (初入文坛)
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[求助]
用NAMD软件做SMD时一些问题
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1对于SMD拉伸时间的设置问题，有没有一些设置依据，还是根据自己的尝试情况得到的结果估计设置，参照文献中的时间自己感觉未完成SMD模拟； 2假设SMD模拟设定的时间是1ns,但是0.5ns就完成模拟，那么多余的设置时间是否会对结果造成影响，或者说在模拟已经完成后会报错，或者出现其他提示之类的； 3如果恒速SMD模拟完成后，体系的总能量，势能，动能会有怎样的变化，是否维持在一个恒定值还是其他情况。 4自己做的一个体系第一次设定的时间是1.5ns,SMD模拟过程中未出错，但是自己感觉模拟未完成，所以重新设定了2.5ns,在2ns时出错，错误提示如下: ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 607! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. ERROR: Exiting prematurely; see error messages above. 在生成的log 文件中刚开始的时候有几个warning,不知道是否这个会影响结果，不过自己是按材料设定的参数。Warning: The following variables were set in the Warning: configuration file but will be ignored: Warning: langevinTemp (Langevin) Warning: langevinDamping (Langevin) Warning: langevinHydrogen (Langevin) 如果有做这个方向的同学请多多指教，不胜感激！ |
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