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liaibo

金虫 (小有名气)

[求助] 新手求助啊,COMFA的这个网格是咋做出来的???

文献上是这么写的:
A 3D grid box of 2.0 Å is created around the aligned molecules. Steric and electrostatic energies are calculated using a sp3 carbon
atom probe with a charge of +1.00 and van der Waals radius of 1.52 Å at each intersection lattice point of  the grid.



A 3D grid box of 2.0 Å这是这么来的?
van der Waals radius of 1.52 Å at each intersection lattice point of  the grid
这个又是怎么来的?
另外:自动生成的网格,LOO做出来q2=0.24,然后又用region focus做了一下,q2能达到0.50,r2=0.85。都不知道这个数据能用不。。。
又试了一下,不同的电荷charge上去得到的结果不一样啊,Gasteiger-Huckel  (GH) ,q2都是负的。。GM得到q2的才是0.24
最后,国庆还要做这些真是伤心啊啊!!!

[ Last edited by liaibo on 2012-9-29 at 21:46 ]
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lvivs

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by liaibo at 2012-10-01 19:15:15
貌似懂了。。。是默认的。。汗。。

楼主是怎么找到数据设置框的。。求教。。另外是楼主用QSAR manager做comfa的吗?
4楼2016-01-05 14:25:23
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liaibo

金虫 (小有名气)

国庆大家都休息了?
2楼2012-09-30 15:05:25
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liaibo

金虫 (小有名气)

貌似懂了。。。是默认的。。汗。。
3楼2012-10-01 19:15:15
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liaibo

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lvivs at 2016-01-05 14:25:23
楼主是怎么找到数据设置框的。。求教。。另外是楼主用QSAR manager做comfa的吗?...

comfa没前途,早不做了
5楼2016-01-05 21:03:03
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