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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】CoMFA中q2为什么出现为负值?
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hk0320051

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】CoMFA中q2为什么出现为负值? 已有2人参与

用sybyl7.3做comfa,有时候q2达到-1.4；有时到达0.2；就是没达到过0.3以上，个人觉得叠合的挺好的，不知道大家如何设置网格大小的，网格的x,y,z初始应该怎么设置，有没有什么经验传授啊，能够包含所有结构图的网格也有大小之分啊
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1楼 2010-08-26 21:06:10
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银虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-08-29 14:51:47
我做comfa时，那些都没变过。应该还是叠合的问题吧？
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2楼2010-08-28 11:01:52
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CADD

银虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-08-29 14:51:57
叠合的好坏直接影响q2值，你用什么做的叠合？
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3楼2010-08-28 11:03:08
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hk0320051

新虫 (初入文坛)
用的公共骨架进行叠合，pIC50为因变量。叠合的图看起来挺好的，可结果q2却是负值，调整网格大小，步长， 场能，压根没出现过正值，在0~ -0.76之间变动，要是正0.76就好了。这几天弄的头都大了。
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4楼2010-08-29 09:14:30
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hk0320051

新虫 (初入文坛)
书中的要求网格能够容纳叠加的构象式，但是没说明网格边界与构象式之间距离达到多少才合适，这样能容纳叠加的构象式的网格太多了。如同一间房子，5平米能刚好容纳10人，10平米也能容纳10个人，20平米也能容纳10人，100平米也能容纳10人。是要求网格边界和构象式各边相切，还是网格与相切的的网格之间放一段距离，比如0.2纳米的距离？希望有经验的前辈能指点一下！
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5楼2010-08-29 09:27:22
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hk0320051

新虫 (初入文坛)
大家在做comfa时的网格都是自动生成的吗？
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6楼2010-08-30 09:29:58
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