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hk0320051

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】CoMFA中q2为什么出现为负值? 已有2人参与

用sybyl7.3做comfa,有时候q2达到-1.4;有时到达0.2;就是没达到过0.3以上,个人觉得叠合的挺好的,不知道大家如何设置网格大小的,网格的x,y,z初始应该怎么设置,有没有什么经验传授啊,能够包含所有结构图的网格也有大小之分啊
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CADD

银虫 (正式写手)


lei0736(金币+1):谢谢 2010-08-29 14:51:47
我做comfa时,那些都没变过。应该还是叠合的问题吧?
2楼2010-08-28 11:01:52
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CADD

银虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-08-29 14:51:57
叠合的好坏直接影响q2值,你用什么做的叠合?
3楼2010-08-28 11:03:08
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hk0320051

新虫 (初入文坛)

用的公共骨架进行叠合,pIC50为因变量。叠合的图看起来挺好的,可结果q2却是负值,调整网格大小,步长, 场能,压根没出现过正值,在0~ -0.76之间变动,要是正0.76就好了。这几天弄的头都大了。
4楼2010-08-29 09:14:30
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hk0320051

新虫 (初入文坛)

书中的要求网格能够容纳叠加的构象式,但是没说明网格边界与构象式之间距离达到多少才合适,这样能容纳叠加的构象式的网格太多了。如同一间房子,5平米能刚好容纳10人,10平米也能容纳10个人,20平米也能容纳10人,100平米也能容纳10人。是要求网格边界和构象式各边相切,还是网格与相切的的网格之间放一段距离,比如0.2纳米的距离?希望有经验的前辈能指点一下!
5楼2010-08-29 09:27:22
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hk0320051

新虫 (初入文坛)

大家在做comfa时的网格都是自动生成的吗?
6楼2010-08-30 09:29:58
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