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银虫 (著名写手)

[求助] 如何设计引物扩增片段?做克隆的

已知 cdna序列和cds序列。
想设计引物:pcr扩增片段---回收片段,加A---与载体连接----转化--提质粒等
请问如何设计引物?是不是还要找到cds的  起始密码  终止密码之类?
谁能详细告诉我?初学者的困惑很痛苦啊
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mamadexiao

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
review: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 你的回复很给力!其实我自己还不怎么清楚 所以问得也不好 明白了再问 2012-10-08 13:11:21
简单的很
首先,分析下你要用的质粒,在这个质粒可以插入的多克隆位点中找到你们实验室用的比较多的几个酶
然后再NCBI里把你的基因序列搞出来,要用CDS区的
一般都写着呢,CDS是编码片段,一般就是从ATG 开始的
然后,把你的序列用PRIMER5或者OLIGO7分析下,看看里面的限制性酶切位点都有哪些,这些位点以外的限制性内切酶,就是你可以选择的
看看有没有你们实验室常用的

限制性酶切位点+上/下游引物
如果你的是那种T载体
就更简单了
用能加A的聚合酶,直接扩
当然引物也得包括你的基因的CDS区
12楼2012-10-05 21:23:54
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xw19880905

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-01 20:01:18
review: 金币+2, 谢谢! 2012-10-08 13:13:23
这个没什么特别的呀,不需要起始密码终止密码子,你的上下游引物就是起始终止的作用,你要注意的是你设计的那段扩增片段是不是特异的,就按普通pcr引物设计一样设计引物
2楼2012-09-29 15:20:05
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baby1987

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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review: 金币+2, 谢谢! 2012-10-08 13:13:36
学习一下那个DNAman软件,primer5等专业引物设计软件,挺好用的。
加油。
3楼2012-09-29 15:28:58
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lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-10-01 20:01:38
review: 金币+2, 谢谢! 2012-10-08 13:13:55
是用sdna序列就可以了,加A需使用还有加A酶功能的dna扩增酶,有些酶扩增出来是不加A的,另外扩增后你可以直接连接到表达载体上就不需要加A了,另外起始密码和终止密码你一般最好含在里面,因为有些载体是不含有atg启动子和终止密码子的,但大多都是含有的,你带上了也不影响,所以最好带着。
生物化学与分子生物学
4楼2012-09-29 15:49:21
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