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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 16S 比对问题
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hustxiong

木虫 (正式写手)

[求助] 16S 比对问题

16S序列，我们一般经过NCBI 上比对  相似度都是整数的。很多文章里都是小数位的，如96.9%，这个是通过什么方式得来的，不甚感谢！
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1楼 2012-09-27 09:38:21
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hustxiong

木虫 (正式写手)
这些都没有提到这个问题啊！
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2楼2012-09-27 10:36:13
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wqj1988926

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
是不是用别的软件比对的
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风雪夜归人
3楼2012-09-27 10:44:18
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billtsu

木虫 (正式写手)

木木

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hustxiong: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 感谢您的帮助 2012-09-28 08:01:23
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-10-03 20:15:43
NCBI 上也不一定都是整数啊，可以将比对结果的页面向下看，都会有具体的最大相似度，覆盖率，以及gaps数。还有可以在Eztaxon 上比对试试。
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啊木
4楼2012-09-27 22:12:02
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frankerry

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
小丹木木: 金币+3, 鼓励积极交流 2012-10-03 20:16:12
NCBI上的比对结果对于严格要求通过序列相似性分析菌株进化关系的研究来说是不够的，分类学文章基本都要求你用专业的序列比对软件做序列相似性分析，一般是通过相似性矩阵法。推荐几个常见的软件，基本都是免费。DNAedit，mega，DNAman等。要求将所要比对的序列两端剪齐后做比对，不同算法会有微小差异，不同参数设置也会有微小变化。当然前提是你的测序结果是可靠的，建议送不同测序公司分别做两次测序，并选信号峰最好的那个测序结果为比对用序列。祝好运！
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5楼2012-10-03 20:10:58
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shiyuan515

木虫 (小有名气)
http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/ezt_identify
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6楼2012-12-26 13:42:51
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