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hustxiong

木虫 (正式写手)

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[求助] 16S 比对问题

16S序列，我们一般经过NCBI 上比对相似度都是整数的。很多文章里都是小数位的，如96.9%，这个是通过什么方式得来的，不甚感谢！

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1楼 2012-09-27 09:38:21

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

frankerry

银虫 (小有名气)

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虫号: 298496
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性别: GG
专业: 环境微生物学

★ ★ ★
小丹木木: 金币+3, 鼓励积极交流 2012-10-03 20:16:12

NCBI上的比对结果对于严格要求通过序列相似性分析菌株进化关系的研究来说是不够的，分类学文章基本都要求你用专业的序列比对软件做序列相似性分析，一般是通过相似性矩阵法。推荐几个常见的软件，基本都是免费。DNAedit，mega，DNAman等。要求将所要比对的序列两端剪齐后做比对，不同算法会有微小差异，不同参数设置也会有微小变化。当然前提是你的测序结果是可靠的，建议送不同测序公司分别做两次测序，并选信号峰最好的那个测序结果为比对用序列。祝好运！