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philip890220

铜虫 (初入文坛)

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[求助] perl程序求助~~

正如附件及图片所示，注意下一啊，gene那一列中的gene是有重复的，我的目的就是将重复出现的基因每列分别取平均值，最后输出一个文件！
就拿BRO1来说，他出现两次，第二列中的两个数字分别是0.0375155和0.0691334，九曲他俩的平均值，第三列亦然~~，最后的输出结果应该是这样的：
GENE GSM630089 GSM630090
BRO1
COX11
MET16
SGO1
YOR121C
数字我省略了，反正就是有重复的取平均值，不重复的直接输出！，求助~~~
谢谢喽~~~PS:实际处理的文件较大，附件中仅是例子~~~

1.gif

[ Last edited by philip890220 on 2012-9-25 at 16:48 ]

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附件 1 : test.txt

2012-09-25 16:32:22, 256 bytes

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1楼 2012-09-25 16:46:38

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jackie1179

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
philip890220: 金币+10, ★★★很有帮助, good~~ 2012-09-29 00:34:55

这个应该可以解决你的问题，输出文件为output.txt

CODE:

#!/usr/bin/perl

use warnings;

use strict;

my $in = "test.txt";

open IN,"<",$in || die "Cannot open this file!$!";

my %array;

;

while() {

  chomp;

  if(/^(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)/) {

    push @{$array{$1}{'col2'}},$2;

    push @{$array{$1}{'col3'}},$3;

  }

}

close IN; 

foreach my $key(sort keys %array) {

  my $cnt = scalar(@{$array{$key}{'col2'}});

  foreach (@{$array{$key}{'col2'}}) {

    $array{$key}{'ave2'} += $_;     

  }

  $array{$key}{'ave2'} /= $cnt;

  foreach (@{$array{$key}{'col3'}}) {

    $array{$key}{'ave3'} += $_;

  }

  $array{$key}{'ave3'} /= $cnt;

}

my $out = "output.txt";

open OUT,">",$out || die "Cannot write to this file!$!";

foreach my $key(sort keys %array) {

  print OUT "$key\t$array{$key}{'ave2'}\t$array{$key}{'ave3'}\n";

}

close OUT;

exit(0);

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2楼2012-09-27 10:00:05

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