应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 对接中 用sybyl画出了配体的结构式 对接时报错
91/1返回列表
查看: 1938  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

郝明

新虫 (正式写手)

[求助] 对接中 用sybyl画出了配体的结构式 对接时报错

用sybyl 画出了配体结构式 能量最小化后进行对接 显示failure
对于化合物的化学式从哪可以下载到mol2格式的啊
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-09-21 10:44:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-22 13:10:20
如果你知道这种化合物的名称，直接在google里找呗。
我曾经想要C60的这种结构，直接一google就出来了，自己画的很难找准确每个原子的位置。
赞一下 回复此楼
2楼2012-09-21 16:18:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-22 13:10:32
sybyl给出小分子的mol2格式不错呀，我一直都是这么准备小分子的，从来没遇到过LZ的问题

什么叫对接显示failure呢，除了小分子还有其它原因吧，个人觉得不一定是小分子的原因哦！
赞一下 回复此楼
3楼2012-09-21 17:26:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

郝明

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by PSA at 2012-09-21 17:26:55
sybyl给出小分子的mol2格式不错呀，我一直都是这么准备小分子的，从来没遇到过LZ的问题

什么叫对接显示failure呢，除了小分子还有其它原因吧，个人觉得不一定是小分子的原因哦！

您对接配体的结构也是自己画出来的吗 优化然后用于对接？
赞一下 回复此楼
4楼2012-09-22 10:18:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 郝明 at 2012-09-22 10:18:29
您对接配体的结构也是自己画出来的吗 优化然后用于对接？...

是的
回复此楼
5楼2012-09-22 11:50:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

windf1ower

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-26 22:47:03
你的意思是提交之后还没算就报错，还是跳出结果窗口了但是里面没东西？
如果是后一种的话，你保存小分子mol2之前，任意选择一个原子，然后菜单Edit→Molecule→Name...给你的小分子命个名，不然mol2文件里的名字是****，在结果窗口里显示不出来
赞一下 回复此楼
问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
6楼2012-11-26 00:43:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

126406380

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

嗯，直接画，么得错滴。你肯定哪一步没有做全
赞一下 回复此楼
成功是一种标志
7楼2012-11-27 12:25:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

胡成海

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:17:12
如果你的小分子是mol2格式，而且对接前有加氢最小化还出现问题，我觉得有没有可能是分子命名问题。
赞一下 回复此楼
8楼2012-11-29 23:55:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qdbh0806

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-13 14:40:35
如果结构不多，可以直接把similes格式上传到corina的网站，产生3D结构，下载mol2的文件，导入sybyl直接用就好了。在google里直接找corina就好了，产生的3D结构是很合理的。
赞一下 回复此楼
9楼2012-12-13 13:07:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 郝明 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化学308分求调剂 +21 你好明天你好 2026-04-07 23/1150 2026-04-08 22:32 by 凯凯要变帅
[考研] 296求调剂 +3 汪！？！ 2026-04-08 3/150 2026-04-08 22:00 by zhouyuwinner
[考研] 285求调剂 +7 AZMK 2026-04-07 7/350 2026-04-08 11:10 by 逆水乘风
[考研] 338求调剂 +8 wxygxsaaaaa 2026-04-06 8/400 2026-04-08 06:58 by 无际的草原
[考研] 机械工程264学硕求调剂 +3 qiushangxian 2026-04-06 3/150 2026-04-08 01:53 by Linzejun
[考研] 一志愿211电子信息347求调剂 +3 554916 2026-04-03 3/150 2026-04-07 23:22 by 如若时光倒流
[考研] 293求调剂 +3 勇远库爱314 2026-04-06 3/150 2026-04-07 11:15 by hugr
[硕博家园] 0856材料化工求调剂，一志愿211，初试成绩349 +4 江淮北月 2026-04-05 4/200 2026-04-06 22:44 by chenzhimin
[考研] 348求调剂 +6 wukira 2026-04-04 6/300 2026-04-05 18:11 by 猪会飞
[考研] 工科277分求调剂材料 +8 上了上了上哦 2026-04-05 9/450 2026-04-05 13:05 by wwytracy
[考研] 311分 22408 求调剂 +3 bing_bot 2026-04-03 3/150 2026-04-05 00:43 by chongya
[考研] 359求调剂 +7 hhhhaaaa$ 2026-04-04 7/350 2026-04-04 18:49 by imissbao
[考研] 复试调剂 +6 范根培 2026-04-04 6/300 2026-04-04 14:27 by 土木硕士招生
[考研] 305求调剂 +3 77Qi 2026-04-03 3/150 2026-04-03 23:01 by qzxyhcsy
[考研] 085601一志愿北理325分求调剂 +6 找调剂，， 2026-04-02 6/300 2026-04-03 22:20 by 柟�?
[考研] 315分 085602 求调剂 +15 26考研上岸版26 2026-04-02 15/750 2026-04-03 12:45 by xingguangj
[考研] 材料调剂 +4 一样YWY 2026-04-03 4/200 2026-04-03 09:48 by 蓝云思雨
[考研] 326求调剂 +10 崽崽仔 2026-04-02 10/500 2026-04-03 09:08 by 帕尔马拉特
[考研] 交通运输考试264分求工科调剂 +4 jike777 2026-04-02 4/200 2026-04-02 21:53 by zllcz
[考研] 一志愿复旦材料，英一专硕，总分357调剂 +4 1050389037 2026-04-02 5/250 2026-04-02 21:40 by dongzh2009
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭