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郝明

新虫 (正式写手)

[求助] 对接中 用sybyl画出了配体的结构式 对接时报错

用sybyl 画出了配体结构式 能量最小化后进行对接 显示failure
对于化合物的化学式从哪可以下载到mol2格式的啊
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
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chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-22 13:10:20
如果你知道这种化合物的名称,直接在google里找呗。
我曾经想要C60的这种结构,直接一google就出来了,自己画的很难找准确每个原子的位置。
2楼2012-09-21 16:18:09
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PSA

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-22 13:10:32
sybyl给出小分子的mol2格式不错呀,我一直都是这么准备小分子的,从来没遇到过LZ的问题

什么叫对接显示failure呢,除了小分子还有其它原因吧,个人觉得不一定是小分子的原因哦!
3楼2012-09-21 17:26:55
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郝明

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by PSA at 2012-09-21 17:26:55
sybyl给出小分子的mol2格式不错呀,我一直都是这么准备小分子的,从来没遇到过LZ的问题

什么叫对接显示failure呢,除了小分子还有其它原因吧,个人觉得不一定是小分子的原因哦!

您对接配体的结构也是自己画出来的吗 优化然后用于对接?
4楼2012-09-22 10:18:29
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PSA

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 郝明 at 2012-09-22 10:18:29
您对接配体的结构也是自己画出来的吗 优化然后用于对接?...

是的
5楼2012-09-22 11:50:03
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windf1ower

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-26 22:47:03
你的意思是提交之后还没算就报错,还是跳出结果窗口了但是里面没东西?
如果是后一种的话,你保存小分子mol2之前,任意选择一个原子,然后菜单Edit→Molecule→Name...给你的小分子命个名,不然mol2文件里的名字是****,在结果窗口里显示不出来
问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
6楼2012-11-26 00:43:02
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126406380

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

嗯,直接画,么得错滴。你肯定哪一步没有做全
成功是一种标志
7楼2012-11-27 12:25:05
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胡成海

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:17:12
如果你的小分子是mol2格式,而且对接前有加氢最小化还出现问题,我觉得有没有可能是分子命名问题。
8楼2012-11-29 23:55:39
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qdbh0806

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-13 14:40:35
如果结构不多,可以直接把similes格式上传到corina的网站,产生3D结构,下载mol2的文件,导入sybyl直接用就好了。在google里直接找corina就好了,产生的3D结构是很合理的。
9楼2012-12-13 13:07:52
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