应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 对接中 用sybyl画出了配体的结构式 对接时报错
51/1返回列表
查看: 1948  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

郝明

新虫 (正式写手)

[求助] 对接中 用sybyl画出了配体的结构式 对接时报错

用sybyl 画出了配体结构式 能量最小化后进行对接 显示failure
对于化合物的化学式从哪可以下载到mol2格式的啊
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-09-21 10:44:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qdbh0806

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-13 14:40:35
如果结构不多，可以直接把similes格式上传到corina的网站，产生3D结构，下载mol2的文件，导入sybyl直接用就好了。在google里直接找corina就好了，产生的3D结构是很合理的。
赞一下 回复此楼
9楼2012-12-13 13:07:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-22 13:10:20
如果你知道这种化合物的名称，直接在google里找呗。
我曾经想要C60的这种结构，直接一google就出来了，自己画的很难找准确每个原子的位置。
赞一下 回复此楼
2楼2012-09-21 16:18:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-22 13:10:32
sybyl给出小分子的mol2格式不错呀，我一直都是这么准备小分子的，从来没遇到过LZ的问题

什么叫对接显示failure呢，除了小分子还有其它原因吧，个人觉得不一定是小分子的原因哦！
赞一下 回复此楼
3楼2012-09-21 17:26:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

郝明

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by PSA at 2012-09-21 17:26:55
sybyl给出小分子的mol2格式不错呀，我一直都是这么准备小分子的，从来没遇到过LZ的问题

什么叫对接显示failure呢，除了小分子还有其它原因吧，个人觉得不一定是小分子的原因哦！

您对接配体的结构也是自己画出来的吗 优化然后用于对接？
赞一下 回复此楼
4楼2012-09-22 10:18:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 复试调剂，一志愿郑州大学材料与化工289分 +23 硕星赴 2026-04-08 23/1150 2026-04-09 11:48 by 朱成玉2017
[考研] 材料调剂 +9 18815505510 2026-04-09 10/500 2026-04-09 11:46 by Sammy2
[考研] 070300化学学硕311分求调剂 +18 梁富贵险中求 2026-04-04 20/1000 2026-04-09 11:18 by 哒哒哒呱呱呱
[基金申请] 有爆料，一个青年教师卖房得400万，然后换了一个四青帽子 +6 babu2015 2026-04-08 6/300 2026-04-09 08:14 by kudofaye
[考研] 328求调剂 +17 lftmya 2026-04-07 18/900 2026-04-09 08:05 by 5268321
[考研] 一志愿郑州大学085600求调剂 +21 吃的不少 2026-04-05 24/1200 2026-04-08 16:47 by sunhuadong
[考研] 327求调剂 +12 Xxjc1107. 2026-04-06 12/600 2026-04-08 16:46 by luoyongfeng
[考研] 22408 266求调剂 +11 masss11222 2026-04-07 14/700 2026-04-08 11:06 by yulian1987
[考研] 求调剂 +28 111623 2026-04-04 33/1650 2026-04-08 09:24 by 泽润东方
[考研] 259求调剂 +5 就爱吃土豆呀呀 2026-04-07 5/250 2026-04-07 22:40 by JourneyLucky
[考研] 调剂 +18 不逢春 2026-04-05 19/950 2026-04-07 22:04 by lijunpoly
[考博] 博士申请 +3 IQwQl 2026-04-05 3/150 2026-04-07 20:31 by greychen00
[考研] 372分材料与化工（085600）英二数二求调剂 +4 蓝笺片 2026-04-06 4/200 2026-04-07 12:30 by dongzh2009
[考研] 求调剂到0856材料工程 +3 程9915 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:15 by 蓝云思雨
[考研] 313求调剂 +5 海日海日 2026-04-04 7/350 2026-04-05 13:58 by imissbao
[考研] 0854求调剂 +4 assdll 2026-04-04 4/200 2026-04-05 09:44 by zhq0425
[考研] 怎么删帖子啊 +3 缝曦1000 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:20 by 土木硕士招生
[考研] 285求调剂 +7 AZMK 2026-04-02 9/450 2026-04-03 11:12 by wanwan00
[考研] 303求调剂 +3 一色清羽 2026-04-02 4/200 2026-04-03 10:22 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂 302分初试 0854 +5 伶可乐 2026-04-02 5/250 2026-04-02 17:53 by 笔落锦州
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭