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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 对接中 用sybyl画出了配体的结构式 对接时报错
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郝明

新虫 (正式写手)

[求助] 对接中 用sybyl画出了配体的结构式 对接时报错

用sybyl 画出了配体结构式 能量最小化后进行对接 显示failure
对于化合物的化学式从哪可以下载到mol2格式的啊
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1楼 2012-09-21 10:44:01
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-22 13:10:20
如果你知道这种化合物的名称，直接在google里找呗。
我曾经想要C60的这种结构，直接一google就出来了，自己画的很难找准确每个原子的位置。
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2楼2012-09-21 16:18:09
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PSA

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-22 13:10:32
sybyl给出小分子的mol2格式不错呀，我一直都是这么准备小分子的，从来没遇到过LZ的问题

什么叫对接显示failure呢，除了小分子还有其它原因吧，个人觉得不一定是小分子的原因哦！
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3楼2012-09-21 17:26:55
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郝明

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by PSA at 2012-09-21 17:26:55
sybyl给出小分子的mol2格式不错呀，我一直都是这么准备小分子的，从来没遇到过LZ的问题

什么叫对接显示failure呢，除了小分子还有其它原因吧，个人觉得不一定是小分子的原因哦！

您对接配体的结构也是自己画出来的吗 优化然后用于对接？
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4楼2012-09-22 10:18:29
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PSA

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 郝明 at 2012-09-22 10:18:29
您对接配体的结构也是自己画出来的吗 优化然后用于对接？...

是的
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5楼2012-09-22 11:50:03
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windf1ower

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-26 22:47:03
你的意思是提交之后还没算就报错，还是跳出结果窗口了但是里面没东西？
如果是后一种的话，你保存小分子mol2之前，任意选择一个原子，然后菜单Edit→Molecule→Name...给你的小分子命个名，不然mol2文件里的名字是****，在结果窗口里显示不出来
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问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
6楼2012-11-26 00:43:02
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126406380

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

嗯，直接画，么得错滴。你肯定哪一步没有做全
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成功是一种标志
7楼2012-11-27 12:25:05
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胡成海

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:17:12
如果你的小分子是mol2格式，而且对接前有加氢最小化还出现问题，我觉得有没有可能是分子命名问题。
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8楼2012-11-29 23:55:39
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qdbh0806

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-13 14:40:35
如果结构不多，可以直接把similes格式上传到corina的网站，产生3D结构，下载mol2的文件，导入sybyl直接用就好了。在google里直接找corina就好了，产生的3D结构是很合理的。
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9楼2012-12-13 13:07:52
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