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郝明

新虫 (正式写手)

[求助] 对接中 用sybyl画出了配体的结构式 对接时报错

用sybyl 画出了配体结构式 能量最小化后进行对接 显示failure
对于化合物的化学式从哪可以下载到mol2格式的啊
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1楼 2012-09-21 10:44:01
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胡成海

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-30 09:17:12
如果你的小分子是mol2格式，而且对接前有加氢最小化还出现问题，我觉得有没有可能是分子命名问题。
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8楼2012-11-29 23:55:39
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-22 13:10:20
如果你知道这种化合物的名称，直接在google里找呗。
我曾经想要C60的这种结构，直接一google就出来了，自己画的很难找准确每个原子的位置。
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2楼2012-09-21 16:18:09
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PSA

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-22 13:10:32
sybyl给出小分子的mol2格式不错呀，我一直都是这么准备小分子的，从来没遇到过LZ的问题

什么叫对接显示failure呢，除了小分子还有其它原因吧，个人觉得不一定是小分子的原因哦！
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3楼2012-09-21 17:26:55
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郝明

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by PSA at 2012-09-21 17:26:55
sybyl给出小分子的mol2格式不错呀，我一直都是这么准备小分子的，从来没遇到过LZ的问题

什么叫对接显示failure呢，除了小分子还有其它原因吧，个人觉得不一定是小分子的原因哦！

您对接配体的结构也是自己画出来的吗 优化然后用于对接？
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4楼2012-09-22 10:18:29
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