24小时热门版块排行榜    

查看: 1891  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

郝明

新虫 (正式写手)

[求助] 对接中 用sybyl画出了配体的结构式 对接时报错

用sybyl 画出了配体结构式 能量最小化后进行对接 显示failure
对于化合物的化学式从哪可以下载到mol2格式的啊
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

windf1ower

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-26 22:47:03
你的意思是提交之后还没算就报错,还是跳出结果窗口了但是里面没东西?
如果是后一种的话,你保存小分子mol2之前,任意选择一个原子,然后菜单Edit→Molecule→Name...给你的小分子命个名,不然mol2文件里的名字是****,在结果窗口里显示不出来
问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
6楼2012-11-26 00:43:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-22 13:10:20
如果你知道这种化合物的名称,直接在google里找呗。
我曾经想要C60的这种结构,直接一google就出来了,自己画的很难找准确每个原子的位置。
2楼2012-09-21 16:18:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-22 13:10:32
sybyl给出小分子的mol2格式不错呀,我一直都是这么准备小分子的,从来没遇到过LZ的问题

什么叫对接显示failure呢,除了小分子还有其它原因吧,个人觉得不一定是小分子的原因哦!
3楼2012-09-21 17:26:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

郝明

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by PSA at 2012-09-21 17:26:55
sybyl给出小分子的mol2格式不错呀,我一直都是这么准备小分子的,从来没遇到过LZ的问题

什么叫对接显示failure呢,除了小分子还有其它原因吧,个人觉得不一定是小分子的原因哦!

您对接配体的结构也是自己画出来的吗 优化然后用于对接?
4楼2012-09-22 10:18:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料考研调剂 +3 xwt。 2026-03-19 3/150 2026-03-19 11:22 by w沐阳w
[考研] 294求调剂材料与化工专硕 +9 陌の森林 2026-03-18 9/450 2026-03-19 11:12 by kakakapanpan
[考研] 267一志愿南京工业大学0817化工求调剂 +10 SUICHILD 2026-03-12 10/500 2026-03-19 09:51 by Delta2012
[考研] 304求调剂 +6 司空. 2026-03-18 6/300 2026-03-18 23:03 by 星空星月
[考研] 【同济软件】软件(085405)考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[考研] 材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐 +8 Ncdx123456 2026-03-13 9/450 2026-03-18 14:40 by haxia
[考研] 材料专硕274一志愿陕西师范大学求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-13 6/300 2026-03-18 14:14 by 脱颖而出
[考研] 268求调剂 +6 简单点0 2026-03-17 6/300 2026-03-18 09:04 by 无际的草原
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
[考研] 268求调剂 +8 一定有学上- 2026-03-14 9/450 2026-03-17 17:47 by laoshidan
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 0703一志愿211 285分求调剂 +5 ly3471z 2026-03-13 5/250 2026-03-16 16:16 by 哦哦123
[考研] 285求调剂 +6 ytter 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:05 by njzyff
[考研] 一志愿华中师范071000,325求调剂 +6 RuitingC 2026-03-12 6/300 2026-03-16 14:50 by 可淡不可忘
[考研] 070305求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-14 4/200 2026-03-15 11:04 by peike
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy! 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 材料工程调剂 +9 咪咪空空 2026-03-12 9/450 2026-03-13 22:05 by 星空星月
[考研] 土木第一志愿276求调剂,科研和技能十分丰富,求新兴方向的导师收留 +3 土木小天才 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
信息提示
请填处理意见