24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1951  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

郝明

新虫 (正式写手)

[求助] 对接中 用sybyl画出了配体的结构式 对接时报错

用sybyl 画出了配体结构式 能量最小化后进行对接 显示failure
对于化合物的化学式从哪可以下载到mol2格式的啊
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

windf1ower

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-26 22:47:03
你的意思是提交之后还没算就报错,还是跳出结果窗口了但是里面没东西?
如果是后一种的话,你保存小分子mol2之前,任意选择一个原子,然后菜单Edit→Molecule→Name...给你的小分子命个名,不然mol2文件里的名字是****,在结果窗口里显示不出来
问题咨询请邮件联系zhouqing_gzu@sina.com
6楼2012-11-26 00:43:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-22 13:10:20
如果你知道这种化合物的名称,直接在google里找呗。
我曾经想要C60的这种结构,直接一google就出来了,自己画的很难找准确每个原子的位置。
2楼2012-09-21 16:18:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-22 13:10:32
sybyl给出小分子的mol2格式不错呀,我一直都是这么准备小分子的,从来没遇到过LZ的问题

什么叫对接显示failure呢,除了小分子还有其它原因吧,个人觉得不一定是小分子的原因哦!
3楼2012-09-21 17:26:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

郝明

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by PSA at 2012-09-21 17:26:55
sybyl给出小分子的mol2格式不错呀,我一直都是这么准备小分子的,从来没遇到过LZ的问题

什么叫对接显示failure呢,除了小分子还有其它原因吧,个人觉得不一定是小分子的原因哦!

您对接配体的结构也是自己画出来的吗 优化然后用于对接?
4楼2012-09-22 10:18:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 284求调剂 +6 archer.. 2026-04-09 7/350 2026-04-09 18:27 by vgtyfty
[考研] 269求调剂 +7 啊啊我我 2026-04-07 7/350 2026-04-09 17:42 by wp06
[考研] 计算机11408,286分求调剂 +8 木子念晞 2026-04-05 8/400 2026-04-09 17:41 by wp06
[考研] 一志愿厦大生物学332求调剂 +10 池池池池池池 2026-04-08 10/500 2026-04-09 17:10 by 独醉梦孤城
[考研] 一志愿郑州大学 22408 305分求调剂 +3 安小满zzz 2026-04-08 3/150 2026-04-09 16:16 by wp06
[考研] 278求调剂 +27 范婷娜 2026-04-07 30/1500 2026-04-09 15:59 by 探123
[考研] 求调剂 +3 猪肉墩粉条cc 2026-04-08 4/200 2026-04-09 10:05 by 猪肉墩粉条cc
[考研] 求调剂 +7 chenxrlkx 2026-04-05 9/450 2026-04-09 09:04 by wj165256
[考研] 一志愿211,化学310分,本科重点双非,求调剂 +13 努力奋斗112 2026-04-08 13/650 2026-04-08 21:17 by 学员tURuqU
[考研] 266求调剂 +5 08电气工程 2026-04-03 5/250 2026-04-08 20:22 by 逆水乘风
[考研] 调剂求助(生物与医药) +6 @6952 2026-04-06 6/300 2026-04-07 23:52 by lys0704
[考研] 259求调剂 +5 就爱吃土豆呀呀 2026-04-07 5/250 2026-04-07 22:40 by JourneyLucky
[考研] 0854电子信息319求调剂(接受跨专业调剂) +5 星星不眨眼喽 2026-04-05 6/300 2026-04-07 22:16 by hemengdong
[考研] 328求调剂 +4 ghhh88888 2026-04-06 5/250 2026-04-07 14:45 by ghhh88888
[考研] 316求调剂 +7 yyx想调剂 2026-04-05 7/350 2026-04-07 14:31 by shdgaomin
[考研] 材料调剂 +17 小刘同学吖吖 2026-04-06 18/900 2026-04-07 11:41 by 诗与自由
[考研] 一志愿河北工业大学材料工程,初试344求专硕调剂 +6 15933906766 2026-04-05 6/300 2026-04-06 13:21 by 无际的草原
[考研] 考研生物学考A区211,初试322,科目生化和生物综合,求调剂 +6 。。。54 2026-04-03 6/300 2026-04-05 14:54 by JOKER0401
[考研] 295求调剂 +3 尚偌呀 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:23 by zhq0425
[考研] 一志愿安徽大学0817化学工程与技术,求调剂 +14 我不是只因 2026-04-02 15/750 2026-04-03 09:49 by 蓝云思雨
信息提示
请填处理意见