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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 表面吸附，计算路径不同，对应不同的结果
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Prettyswan

木虫 (小有名气)

[求助] 表面吸附，计算路径不同，对应不同的结果

我计算了两个不同大小的超胞体系，2×2和4×4，对于不同大小的体系，H2O吸附位置是相同的，键角什么的也都相同。
这是4×4的初始结构

这是得到的2×2的结果，为了方便比较，我将它扩展成4×4的了

直接优化得到的4×4的结构

这是将2×2的结果扩展成4×4，然后去掉多余H2O再次优化后得到的结构

两种途径得到的吸附能当然也不一样（Eads=E(Cu)+E(H2O)-E(toten)）
引用回帖:
4-a   E(toten)= -234.304710     Eads=0.055378      #这是直接计算的，在所计算的三种结构中，吸附能最小
----------------
2to4-a   E(toten)= -234.483210     Eads=0.233878   #这是从2×2扩展之后优化来的，此结果跟2×2的三种结构的吸附能的趋势相符，吸附能最大；

所有的驰豫计算使用的INCAR是一样的
引用回帖:
System = Cu(100)-surface H2O
PREC = Normal
EDIFF = 1E-5
EDIFFG = 1E-3
GGA = 91
ISPIN = 1
ICHARG = 2
ISTART = 0  
ENCUT = 420
SIGMA = 0.2
ISMEAR = 1
ISIF = 2
IBRION = 1
ADDGRID = .True.
NSW = 120

LORBIT = 11
LREAL = Auto
NCORE = 12
LPLANE = .TRUE.
LSCALU = .FALSE.
NSIM = 4
LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.

[ Last edited by Prettyswan on 2012-9-17 at 20:54 ]
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1楼 2012-09-17 20:39:00
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书万里

木虫 (著名写手)

历史控+原著控

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 鼓励交流！ 2012-09-19 09:03:07
Prettyswan: 金币+15, ★★★很有帮助 2012-09-20 10:59:16
不理解楼主为什么要这么做，但是一个分子在表面的吸附构型肯定会有很多种的，对应的吸附能也不会相同。你可以在4X4表面改变构型，看能不能得到较大的那个吸附能。
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喂人民服雾。
2楼2012-09-17 21:08:58
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Prettyswan

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 书万里 at 2012-09-17 21:08:58
不理解楼主为什么要这么做，但是一个分子在表面的吸附构型肯定会有很多种的，对应的吸附能也不会相同。你可以在4X4表面改变构型，看能不能得到较大的那个吸附能。

我做了三个构型，只不过这种构型有点异常，所以单独拿出来了。
在2×2的超胞中，应该是正常的，但是4×4的超胞中，这种构型优化的结果跟2×2的超胞出入太大，所以用了上述方法重新计算了一下。
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3楼2012-09-18 08:55:44
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yourne

木虫 (小有名气)
请教楼主对于吸附率/吸附量的问题是如何处理的？还是说一个超晶胞只对应了一个分子？我经常看到文献中提到monolayer，但是一直不知道在计算中具体如何处理这个问题。
另外，正常情况下，在几何优化后最外层原子是一定有弛豫的吧？
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“自由有许多困难，民主亦非完美，然而我们从未建造一堵墙把我们的人民关在里面，不准他们离开我们。” ——肯尼迪
4楼2012-09-18 10:34:54
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书万里

木虫 (著名写手)

历史控+原著控
引用回帖:
3楼: Originally posted by Prettyswan at 2012-09-18 08:55:44
我做了三个构型，只不过这种构型有点异常，所以单独拿出来了。
在2×2的超胞中，应该是正常的，但是4×4的超胞中，这种构型优化的结果跟2×2的超胞出入太大，所以用了上述方法重新计算了一下。...

我说漏了一点，超胞过小的话，吸附分子之间的相互作用可能会影响吸附能。楼主可以不断增大超胞，看吸附能能不能趋于一致（这时候分子间作用就应该很小了）。
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喂人民服雾。
5楼2012-09-18 10:40:51
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hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 鼓励交流！ 2012-09-19 09:03:57
Prettyswan: 金币+15, ★★★很有帮助 2012-09-20 10:59:03
H2O在金属表面上的吸附研究很多了，2003年PRL上专门讨论了吸附模型，本人那是也干过这活儿。如果一个cell中只放一个水分子的话，吸附构型不会有多少改变，除非你的初始构型有问题。
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6楼2012-09-19 06:23:47
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