24小时热门版块排行榜    

查看: 1374  |  回复: 9

cqgzc

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】表面吸附计算 已有6人参与

在做表面吸附计算时(结构优化),发现表面前三层的原子坐标没什么变化,反而是越往体相靠近,原子坐标变化往往很大,请问这是什么原因呢?真空层一般给的是15埃。谢谢!
回复此楼
高端做事,低调做人!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunhg1983

银虫 (小有名气)


cqgzc(金币+2): 2010-07-13 13:16:22
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流! 2010-07-13 13:31:25
底层原子一般要固定的,固定的层数需要测试。
2楼2010-07-13 11:50:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stractor

金虫 (著名写手)


cqgzc(金币+2): 2010-07-13 13:16:13
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流! 2010-07-13 13:31:30
不知道你怎么建模的,做表面相关的时,底面几层原子需要固定,只让上面几层原子动。
3楼2010-07-13 12:59:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cqgzc

银虫 (小有名气)

如果取8层原子的话,一般我是固定最后两层,前面6层驰豫,没有测试过,这样往往就是第5,6层原子变化比较大,前面几层倒不怎么变化。怎么会这样呢?
高端做事,低调做人!
4楼2010-07-13 13:15:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)


gavinliu7390(金币+1):谢谢交流! 2010-07-13 18:03:12
cqgzc(金币+2): 2010-07-14 13:13:39
较大是多大?

优化时层间距有变化很正常
5楼2010-07-13 14:30:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wup123

铁虫 (小有名气)


gavinliu7390(金币+1):谢谢交流! 2010-07-13 18:03:19
cqgzc(金币+1):2 2010-07-14 13:13:34
在z轴方向最大变化1%左右,应该是可以接受的。
6楼2010-07-13 16:02:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jmlv

金虫 (著名写手)


qasd(金币+1):谢谢 2010-08-04 10:13:21
cqgzc(金币+2): 2010-08-07 16:24:40
楼主真阔呀,取8层原子。
一般的计算,4层足够说明问题了。固定下面两层,优化上面两层。
7楼2010-08-04 06:03:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guolianshun

铜虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by jmlv at 2010-08-04 06:03:46:
楼主真阔呀,取8层原子。
一般的计算,4层足够说明问题了。固定下面两层,优化上面两层。

怎么固定,我以前以为必须一起优化,您能详细的讲解一下子吗?谢谢
8楼2010-09-20 16:20:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jmlv

金虫 (著名写手)

★ ★ ★
qasd(金币+3):谢谢 2010-09-20 21:27:19
引用回帖:
Originally posted by guolianshun at 2010-09-20 16:20:01:

怎么固定,我以前以为必须一起优化,您能详细的讲解一下子吗?谢谢

固定方法:
VASP手册里有介绍的。目前VASP只能手动固定:
1. 在原子数行和Direct 行之间添加一行
   Selective dynamics
2. 在POSCAR里,在你想固定的原子的坐标后面添加 F F F;其余可自由移动的原子的坐标后面添加 T T T。

举例:
一个水分子,固定O原子,弛豫两个H原子
固定前的POSCAR
--------------------------------
Water molecule
   10.00
     1.000  0.000  0.000
     0.000  1.000  0.000
     0.000  0.000  1.000
   H  O
   2   1
Direct
   0.4600   0.5000   0.5000
   0.5400   0.5000   0.5000
   0.5000   0.5000   0.5000
--------------------------------

固定后的POSCAR
--------------------------------
Water molecule
   10.00
     1.000  0.000  0.000
     0.000  1.000  0.000
     0.000  0.000  1.000
   H  O
   2   1
Selective dynamics
Direct
   0.4600   0.5000   0.5000   T   T   T
   0.5400   0.5000   0.5000   T   T   T
   0.5000   0.5000   0.5000    F   F   F
--------------------------------
9楼2010-09-20 21:16:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guolianshun

铜虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by jmlv at 2010-09-20 21:16:13:


固定方法:
VASP手册里有介绍的。目前VASP只能手动固定:
1. 在原子数行和Direct 行之间添加一行
   Selective dynamics
2. 在POSCAR里,在你想固定的原子的坐标后面添加 F F F;其余可自由移动的原子的坐 ...

谢谢您大侠
10楼2010-09-21 08:18:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 cqgzc 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料类求调剂 +6 wana_kiko 2026-02-28 6/300 2026-02-28 21:20 by gaoxiaoniuma
[考研] 求调剂 +4 repeatt?t 2026-02-28 4/200 2026-02-28 21:16 by gaoxiaoniuma
[考研] 284求调剂 +4 天下熯 2026-02-28 4/200 2026-02-28 21:13 by gaoxiaoniuma
[考研] 高分子化学与物理调剂 +4 好好好1233 2026-02-28 7/350 2026-02-28 20:42 by 好好好1233
[考研] 298求调剂 +8 人间唯你是清欢 2026-02-28 11/550 2026-02-28 20:26 by L135790
[基金申请] 面上模板改不了页边距吧? +5 ieewxg 2026-02-25 5/250 2026-02-28 20:11 by iwuli
[考研] 0856材料求调剂 +10 hyf hyf hyf 2026-02-28 11/550 2026-02-28 18:50 by 无际的草原
[考研] 311求调剂 +7 南迦720 2026-02-28 7/350 2026-02-28 18:28 by leonnulll
[考研] 材料学调剂 +4 提神豆沙包 2026-02-28 4/200 2026-02-28 18:26 by houyaoxu
[考博] 博士自荐 +3 kkluvs 2026-02-28 3/150 2026-02-28 16:59 by StarAura
[考博] 26申博 +3 想申博! 2026-02-26 3/150 2026-02-28 16:07 by nxgogo
[考研] 295求调剂 +4 19171856320 2026-02-28 4/200 2026-02-28 13:39 by ms629
[考研] 290求调剂 +4 材料专硕调剂; 2026-02-28 5/250 2026-02-28 13:32 by houyaoxu
[考研] 寻找调剂 +3 LYidhsjabdj 2026-02-28 3/150 2026-02-28 12:59 by miniwendy
[考研] 304求调剂 +5 曼殊2266 2026-02-28 6/300 2026-02-28 12:44 by 迷糊CCPs
[考研] 272求调剂 +3 田智友 2026-02-28 3/150 2026-02-28 12:31 by 王加浩to
[考研] 298求调剂 +4 axyz3 2026-02-28 4/200 2026-02-28 11:21 by wang_dand
[基金申请] 什么是人一生最重要的? +10 瞬息宇宙 2026-02-21 10/500 2026-02-27 08:46 by tfang
[基金申请] 面上可以超过30页吧? +12 阿拉贡aragon 2026-02-22 13/650 2026-02-26 22:09 by Hahaxia
[硕博家园] 【博士招生】太原理工大学2026化工博士 +4 N1ce_try 2026-02-24 8/400 2026-02-26 08:40 by N1ce_try
信息提示
请填处理意见