24小时热门版块排行榜    

查看: 1611  |  回复: 9

cqgzc

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】表面吸附计算 已有6人参与

在做表面吸附计算时(结构优化),发现表面前三层的原子坐标没什么变化,反而是越往体相靠近,原子坐标变化往往很大,请问这是什么原因呢?真空层一般给的是15埃。谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

高端做事,低调做人!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunhg1983

银虫 (小有名气)


cqgzc(金币+2): 2010-07-13 13:16:22
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流! 2010-07-13 13:31:25
底层原子一般要固定的,固定的层数需要测试。
2楼2010-07-13 11:50:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stractor

金虫 (著名写手)


cqgzc(金币+2): 2010-07-13 13:16:13
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流! 2010-07-13 13:31:30
不知道你怎么建模的,做表面相关的时,底面几层原子需要固定,只让上面几层原子动。
3楼2010-07-13 12:59:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cqgzc

银虫 (小有名气)

如果取8层原子的话,一般我是固定最后两层,前面6层驰豫,没有测试过,这样往往就是第5,6层原子变化比较大,前面几层倒不怎么变化。怎么会这样呢?
高端做事,低调做人!
4楼2010-07-13 13:15:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)


gavinliu7390(金币+1):谢谢交流! 2010-07-13 18:03:12
cqgzc(金币+2): 2010-07-14 13:13:39
较大是多大?

优化时层间距有变化很正常
5楼2010-07-13 14:30:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wup123

铁虫 (小有名气)


gavinliu7390(金币+1):谢谢交流! 2010-07-13 18:03:19
cqgzc(金币+1):2 2010-07-14 13:13:34
在z轴方向最大变化1%左右,应该是可以接受的。
6楼2010-07-13 16:02:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jmlv

金虫 (著名写手)


qasd(金币+1):谢谢 2010-08-04 10:13:21
cqgzc(金币+2): 2010-08-07 16:24:40
楼主真阔呀,取8层原子。
一般的计算,4层足够说明问题了。固定下面两层,优化上面两层。
7楼2010-08-04 06:03:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guolianshun

铜虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by jmlv at 2010-08-04 06:03:46:
楼主真阔呀,取8层原子。
一般的计算,4层足够说明问题了。固定下面两层,优化上面两层。

怎么固定,我以前以为必须一起优化,您能详细的讲解一下子吗?谢谢
8楼2010-09-20 16:20:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jmlv

金虫 (著名写手)

★ ★ ★
qasd(金币+3):谢谢 2010-09-20 21:27:19
引用回帖:
Originally posted by guolianshun at 2010-09-20 16:20:01:

怎么固定,我以前以为必须一起优化,您能详细的讲解一下子吗?谢谢

固定方法:
VASP手册里有介绍的。目前VASP只能手动固定:
1. 在原子数行和Direct 行之间添加一行
   Selective dynamics
2. 在POSCAR里,在你想固定的原子的坐标后面添加 F F F;其余可自由移动的原子的坐标后面添加 T T T。

举例:
一个水分子,固定O原子,弛豫两个H原子
固定前的POSCAR
--------------------------------
Water molecule
   10.00
     1.000  0.000  0.000
     0.000  1.000  0.000
     0.000  0.000  1.000
   H  O
   2   1
Direct
   0.4600   0.5000   0.5000
   0.5400   0.5000   0.5000
   0.5000   0.5000   0.5000
--------------------------------

固定后的POSCAR
--------------------------------
Water molecule
   10.00
     1.000  0.000  0.000
     0.000  1.000  0.000
     0.000  0.000  1.000
   H  O
   2   1
Selective dynamics
Direct
   0.4600   0.5000   0.5000   T   T   T
   0.5400   0.5000   0.5000   T   T   T
   0.5000   0.5000   0.5000    F   F   F
--------------------------------
9楼2010-09-20 21:16:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guolianshun

铜虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by jmlv at 2010-09-20 21:16:13:


固定方法:
VASP手册里有介绍的。目前VASP只能手动固定:
1. 在原子数行和Direct 行之间添加一行
   Selective dynamics
2. 在POSCAR里,在你想固定的原子的坐标后面添加 F F F;其余可自由移动的原子的坐 ...

谢谢您大侠
10楼2010-09-21 08:18:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 cqgzc 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 19:43 by lXgU0RvNTDC9
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 19:34 by lXgU0RvNTDC9
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 5/250 2026-08-23 19:10 by lXgU0RvNTDC9
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 9/450 2026-08-23 18:46 by lXgU0RvNTDC9
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 15:33 by KM5EcsNQRBPn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 5/250 2026-08-23 14:33 by KM5EcsNQRBPn
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 什么时候开奖? +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 04:04 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:04 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 炎黄贵胄 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
信息提示
请填处理意见