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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】表面吸附计算
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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cqgzc

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】表面吸附计算 已有6人参与

在做表面吸附计算时（结构优化），发现表面前三层的原子坐标没什么变化，反而是越往体相靠近，原子坐标变化往往很大，请问这是什么原因呢？真空层一般给的是15埃。谢谢！
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高端做事，低调做人!
1楼 2010-07-13 10:04:01
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sunhg1983

银虫 (小有名气)
★
cqgzc(金币+2): 2010-07-13 13:16:22
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-07-13 13:31:25
底层原子一般要固定的，固定的层数需要测试。
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2楼2010-07-13 11:50:34
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stractor

金虫 (著名写手)
★
cqgzc(金币+2): 2010-07-13 13:16:13
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-07-13 13:31:30
不知道你怎么建模的，做表面相关的时，底面几层原子需要固定，只让上面几层原子动。
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3楼2010-07-13 12:59:03
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cqgzc

银虫 (小有名气)
如果取8层原子的话，一般我是固定最后两层，前面6层驰豫，没有测试过，这样往往就是第5,6层原子变化比较大，前面几层倒不怎么变化。怎么会这样呢？
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高端做事，低调做人!
4楼2010-07-13 13:15:53
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
★
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-07-13 18:03:12
cqgzc(金币+2): 2010-07-14 13:13:39
较大是多大？

优化时层间距有变化很正常
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5楼2010-07-13 14:30:06
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wup123

铁虫 (小有名气)
★
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-07-13 18:03:19
cqgzc(金币+1):2 2010-07-14 13:13:34
在z轴方向最大变化1%左右，应该是可以接受的。
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6楼2010-07-13 16:02:53
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jmlv

金虫 (著名写手)
★
qasd(金币+1):谢谢 2010-08-04 10:13:21
cqgzc(金币+2): 2010-08-07 16:24:40
楼主真阔呀，取8层原子。
一般的计算，4层足够说明问题了。固定下面两层，优化上面两层。
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7楼2010-08-04 06:03:46
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guolianshun

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by jmlv at 2010-08-04 06:03:46:
楼主真阔呀，取8层原子。
一般的计算，4层足够说明问题了。固定下面两层，优化上面两层。

怎么固定，我以前以为必须一起优化，您能详细的讲解一下子吗？谢谢
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8楼2010-09-20 16:20:01
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jmlv

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
qasd(金币+3):谢谢 2010-09-20 21:27:19
引用回帖:
Originally posted by guolianshun at 2010-09-20 16:20:01:

怎么固定，我以前以为必须一起优化，您能详细的讲解一下子吗？谢谢

固定方法：
VASP手册里有介绍的。目前VASP只能手动固定：
1. 在原子数行和Direct 行之间添加一行
   Selective dynamics
2. 在POSCAR里，在你想固定的原子的坐标后面添加 F F F；其余可自由移动的原子的坐标后面添加 T T T。

举例：
一个水分子，固定O原子，弛豫两个H原子
固定前的POSCAR
--------------------------------
Water molecule
   10.00
     1.000  0.000  0.000
     0.000  1.000  0.000
     0.000  0.000  1.000
   H  O
   2   1
Direct
   0.4600   0.5000   0.5000
   0.5400   0.5000   0.5000
   0.5000   0.5000   0.5000
--------------------------------

固定后的POSCAR
--------------------------------
Water molecule
   10.00
     1.000  0.000  0.000
     0.000  1.000  0.000
     0.000  0.000  1.000
   H  O
   2   1
Selective dynamics
Direct
   0.4600   0.5000   0.5000   T   T   T
   0.5400   0.5000   0.5000   T   T   T
   0.5000   0.5000   0.5000    F   F   F
--------------------------------
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9楼2010-09-20 21:16:13
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guolianshun

铜虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by jmlv at 2010-09-20 21:16:13:


固定方法：
VASP手册里有介绍的。目前VASP只能手动固定：
1. 在原子数行和Direct 行之间添加一行
   Selective dynamics
2. 在POSCAR里，在你想固定的原子的坐标后面添加 F F F；其余可自由移动的原子的坐 ...

谢谢您大侠
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10楼2010-09-21 08:18:47
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