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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS中虚原子的应用
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

[求助] MS中虚原子的应用 已有1人参与

在一些MS模拟气体在沸石分子筛中的吸附的时候发现有时候会需要用到虚原子，如N2模型会采用中间是一个带电荷的虚原子，两端的N原子也带电荷，该虚原子是不具有质量的。有时候沸石分子筛结构还有多种不同尺度的笼或者孔道，有些笼或者孔道比吸附气体的范德华半径小，为了避免模拟时气体分子进入此，一般会在这些笼或者孔中加入虚原子，加入虚原子具有恰当的范德华半径。那么：
（1）这些虚原子在MS建模的时候一般是用那种原子来表示的，对于原子的选择有什么要求，如原子半径
（2）虚原子的范德华半径怎么查看，是在力场参数里吗，还是这个是可以自己定义的？
（3）虚原子在模拟的时候力场参数应该如何设置。在MS中有很多的力场包括dreiding，UFF，CVFF，compass等。是不是虚原子应该在范德华作用描述（一般用L-J势描述）应该将相关的参数都设置为零？在MS中提供的力场编辑器目前我使用的版本只能对dreiding力场进行编辑。如果我使用的是其它力场，那么力场参数自己设置应该怎么进行？

[ Last edited by shiyiwenren on 2012-9-6 at 16:25 ]
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1楼 2012-09-06 16:14:51
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海边的风

木虫 (小有名气)
我也不懂，请问楼主现在找到设置dummy atom的方法吗？请赐教
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只要自己尽力了，就一切ok了，无论成功与否
2楼2014-12-18 16:03:30
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

Note that it is not currently possible to create dummy atoms other than by importing an .msi file or using the template libraries. Dummy atoms cannot be created via the Atom Sketcher.

6.0版本是这么个说法
虚原子不能sketch模块创建，除非导入.msi格式的文件已经定义
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2014-12-19 09:54:43
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yangjj325

金虫 (初入文坛)
有人说可以用一个自己用不到的金属原子替代该虚拟原子，你试试看。
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4楼2016-09-02 09:18:19
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