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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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dxli1988

管理员

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

[求助] 重叠延伸PCR

最近一直在做重叠延伸PCR,获得第一轮的产物,切胶回收后,在第二轮重叠PCR怎么也做不出来,个人觉得引物没有问题,重叠22bp,本身基因的GC比就不太正常,含量较低,但引物再重新设计的可能性不大,希望各位前辈指点一二。引物序列分别为:
AF: TTAGTTCGGTAGTTGAGGG
AR:  ATAACGTTCATTACTTCTCCAGATTTTGTGTCATTC
BF: CTGGAGAAGTAATGAACGTTATTGCAATATTGAATC
BR: TAGCAGTTCTTATTTTTTGCTTTCTTCTTTCAATACCTTAACGG
A基因片段长为535bp,B片段长为2168bp。
前5个循环不加引物,低温退后,加引物后25循环。这是其中一次梯度PCR的结果。

重叠延伸PCR结果
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逆水行舟,不进则退。
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aofeng860308

专家顾问

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【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
dxli1988: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-08-26 22:12:44
引用回帖:
5楼: Originally posted by dxli1988 at 2012-08-26 21:54:33
延伸时间足够是怎么回事,我在前5个循环里延伸5s,因为只有22bp重合,这样可以吗,还有touchdown我也做过,到底是个逐渐升温的过程还是降温的过程呢?...

延伸时间5s怎么够?前5个循环的作用是什么要搞清楚,延伸是为了得到连接后的总长度啊,也就是要扩2700左右的片段,好歹也得2-3min啊,后面加引物就是以这段全长为模板进行PCR扩增的。以后再做SOE的时候,一定要保证重合在30bp个以上,这样就很好做了!
7楼2012-08-26 22:02:41
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dxli1988

管理员

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

电泳图中,前4个孔不是,后边的全是。
逆水行舟,不进则退。
2楼2012-08-26 18:01:05
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lishaohe

主管区长

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【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
dxli1988: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-08-26 21:52:46
胶回收后,再做第二轮PCR的前五个反应可以适当延伸一下时间,就是延伸时间变长一些,而且第二轮PCR的退火温度适当再降低一些,延伸时间3min左右吧,我以前经常做重叠PCR,从来没有出现过其他问题,不过我的片段总长在2000bp左右。希望对你有些帮助。
3楼2012-08-26 19:02:13
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chjinzhi

兑换贵宾

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 回帖置顶 2012-08-26 20:41:25
amisking: 金币+2, 鼓励发帖交流问题。 2012-08-26 20:41:30
dxli1988: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-08-26 21:52:37
我现在也在做这类实验。刚刚无结果,原先的时候和你一样,都不能扩出目的片段,只能得到其中的一条片段。不过后来,我请教些前辈,就做出来了。他们建议我从重叠的片段质量入手,所谓片段质量指的是你加如反应体系的两片段的摩尔比要是1:1,就拿你的片段来说,如果两片段的浓度基本一样,那么二者的体积比就要是4:1(大:小);再者就是前五个循环里的延伸时间要足够,退火温度要合适!实在确定不了,就用Touch-down吧!若还是出不来,尝试下把循环数增加几个!
4楼2012-08-26 19:24:59
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