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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 添加电荷出错
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] 添加电荷出错

grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
运行这句命令时，出现以下错误：
Fatal error:
Atomtype SDMSO not found
请教高手，怎样修改，进行下一步添加电荷，谢谢！！
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坚持就是胜利
1楼 2012-08-25 09:34:52
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visualization

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-08-26 19:32:16
邓芳: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2012-08-29 08:40:01
错误原因是分子上有个S原子的原子类型认不出来。gmx版本，4.5以后的要写成SDmso
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2楼2012-08-26 15:56:35
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
2楼: Originally posted by visualization at 2012-08-26 15:56:35
错误原因是分子上有个S原子的原子类型认不出来。gmx版本，4.5以后的要写成SDmso

恩，非常感谢！
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坚持就是胜利
3楼2012-08-26 19:00:20
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 邓芳 at 2012-08-26 19:00:20
恩，非常感谢！...

金币呢～～·
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4楼2012-08-27 17:22:57
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
4楼: Originally posted by visualization at 2012-08-27 17:22:57
金币呢～～·...

我不知道是否已经给了你，不知道怎样给金币，呵呵
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坚持就是胜利
5楼2012-08-28 08:45:48
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 邓芳 at 2012-08-28 08:45:48
我不知道是否已经给了你，不知道怎样给金币，呵呵...

你没有给二楼悬赏的金币
把二楼设为最佳答案
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6楼2012-08-28 08:50:10
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 赞，奖励一下。以后悬赏，如果有人回复而且是你需要的答案，记得给人奖励。 2012-08-29 14:29:04
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-28 08:50:10
你没有给二楼悬赏的金币
把二楼设为最佳答案...

呵呵，这次就已经给过了吧，
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坚持就是胜利
7楼2012-08-29 08:40:45
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-17 18:42:43
引用回帖:
2楼: Originally posted by visualization at 2012-08-26 15:56:35
错误原因是分子上有个S原子的原子类型认不出来。gmx版本，4.5以后的要写成SDmso

你好，我想问一下这个是在哪个文件里改啊？
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8楼2014-03-15 11:57:22
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果！ 2014-03-17 18:42:48
引用回帖:
8楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-03-15 11:57:22
你好，我想问一下这个是在哪个文件里改啊？...

拓扑文件里面修改
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坚持就是胜利
9楼2014-03-16 11:02:57
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 邓芳 at 2012-08-28 08:45:48
我不知道是否已经给了你，不知道怎样给金币，呵呵...

玩笑玩笑
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10楼2014-03-16 16:56:40
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