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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] 添加电荷出错

grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
运行这句命令时,出现以下错误:
Fatal error:
Atomtype SDMSO not found
请教高手,怎样修改,进行下一步添加电荷,谢谢!!
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坚持就是胜利
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金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-08-26 19:32:16
邓芳: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2012-08-29 08:40:01
错误原因是分子上有个S原子的原子类型认不出来。gmx版本,4.5以后的要写成SDmso
2楼2012-08-26 15:56:35
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

引用回帖:
2楼: Originally posted by visualization at 2012-08-26 15:56:35
错误原因是分子上有个S原子的原子类型认不出来。gmx版本,4.5以后的要写成SDmso

恩,非常感谢!
坚持就是胜利
3楼2012-08-26 19:00:20
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金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 邓芳 at 2012-08-26 19:00:20
恩,非常感谢!...

金币呢~~·
4楼2012-08-27 17:22:57
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

引用回帖:
4楼: Originally posted by visualization at 2012-08-27 17:22:57
金币呢~~·...

我不知道是否已经给了你,不知道怎样给金币,呵呵
坚持就是胜利
5楼2012-08-28 08:45:48
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 邓芳 at 2012-08-28 08:45:48
我不知道是否已经给了你,不知道怎样给金币,呵呵...

你没有给二楼悬赏的金币
把二楼设为最佳答案
6楼2012-08-28 08:50:10
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 赞,奖励一下。以后悬赏,如果有人回复而且是你需要的答案,记得给人奖励。 2012-08-29 14:29:04
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-28 08:50:10
你没有给二楼悬赏的金币
把二楼设为最佳答案...

呵呵,这次就已经给过了吧,
坚持就是胜利
7楼2012-08-29 08:40:45
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-17 18:42:43
引用回帖:
2楼: Originally posted by visualization at 2012-08-26 15:56:35
错误原因是分子上有个S原子的原子类型认不出来。gmx版本,4.5以后的要写成SDmso

你好,我想问一下这个是在哪个文件里改啊?
8楼2014-03-15 11:57:22
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究成果! 2014-03-17 18:42:48
引用回帖:
8楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-03-15 11:57:22
你好,我想问一下这个是在哪个文件里改啊?...

拓扑文件里面修改
坚持就是胜利
9楼2014-03-16 11:02:57
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金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 邓芳 at 2012-08-28 08:45:48
我不知道是否已经给了你,不知道怎样给金币,呵呵...

玩笑玩笑
10楼2014-03-16 16:56:40
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