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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » TA克隆能检测到多态位点么？
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yangcaoqing

新虫 (小有名气)

[求助] TA克隆能检测到多态位点么？

如题，要是能检测的话，怎么检测啊？某个基因的多态性是不是只能通过PCR产物测序、SSCP或者酶切来确定？
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1楼2012-08-22 09:59:02
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+5, 鼓励发帖交流问题。 2012-08-22 18:07:19
可以的。
1，大量测序，克隆几个序列无法说明问题，因为普通DNA TAQ酶在PCR过程中也会有1%左右的扩增误差，即100个碱基里如果有1个碱基的差异，有可能是PCR本身扩增的问题。
2，如果某一位点如果有两个峰，而且重复性高，可以确定是多态性位点。
酶切是可以作为CAPS MARKER. SSCP也是可以的。
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4楼2012-08-22 17:01:42
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huangguoqing

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
能检测，TA克隆后，用通用引物测序。
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2楼2012-08-22 10:37:50
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yangcaoqing

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huangguoqing at 2012-08-22 10:37:50
能检测，TA克隆后，用通用引物测序。

如果是杂合型的个体，TA克隆只按照一条链进行复制，即使测序测出来的也是纯和型的结果吧？这样的话不就检测不到杂合型的个体喽？
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3楼2012-08-22 16:11:44
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huangguoqing

木虫 (正式写手)
★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助，七夕快乐 2012-08-23 15:45:36
引用回帖:
2楼: Originally posted by huangguoqing at 2012-08-22 10:37:50
能检测，TA克隆后，用通用引物测序。

我记得TA克隆是双链连接的吧，杂合子只是一条链发生突变，在测序结果里会在突变位置出现重叠峰或者套峰，你可以看一下一些关于SNP的文章里面的测序图，大致就是这样。PCR产物可以直接进行测序，只有PCR产物太短，才会建议你进行克隆然后测序，这样会准确很多。因为测序产物的初始几十个碱基是不准确，没有可信度的。
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5楼2012-08-23 09:12:11
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