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chunlong0377

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amisking: 回帖置顶 2012-08-18 22:05:02

就我所知，序列同源型高很影响进化分析和多样性分析，你可以用MEGA分析你的序列的遗传距离，是用P值分析出来的遗传距离，金华树的群一般是依据遗传距离，或者同时构建NJ树和MP树，比较下二者差异多大。或者用DAMBE软件分析下试试

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NCS

4楼2012-08-18 18:12:27

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ghs25372216

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5楼2012-08-18 21:49:24

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wittyjc

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这不正说明了他们间的亲缘关系很近么。。

2楼2012-08-18 14:35:24

ghs25372216

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3楼2012-08-18 16:21:55

Rick001

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用软件划分OTU以后，选取代表序列是否可以解决？
愚见！

☆☆☆想开了，便能走出去☆☆☆

6楼2012-08-18 22:46:03

wizardfan

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外群选取错了，才会导致很挤。把外群移走（不一定要外群的），问题就解决了

7楼2012-08-19 00:22:32

wizardfan

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引用回帖:

4楼: Originally posted by chunlong0377 at 2012-08-18 18:12:27
就我所知，序列同源型高很影响进化分析和多样性分析，你可以用MEGA分析你的序列的遗传距离，是用P值分析出来的遗传距离，金华树的群一般是依据遗传距离，或者同时构建NJ树和MP树，比较下二者差异多大。或者用DAMBE软 ...

NJ,MP,ML都是方法，对于结果的影响要小于进化模型的选取（比如HKY85).

个人推荐PAUP*，可编程，支持多种方法，可MODEL TEST，还有SH TEST啥的。不过就是不是免费的。

8楼2012-08-19 00:30:38

ghs25372216

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9楼2012-08-19 16:40:53

ghs25372216

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10楼2012-08-19 16:41:19