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ghs25372216

禁虫 (正式写手)

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chunlong0377

木虫 (正式写手)

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amisking: 回帖置顶 2012-08-18 22:05:02
就我所知,序列同源型高很影响进化分析和多样性分析,你可以用MEGA分析你的序列的遗传距离,是用P值分析出来的遗传距离,金华树的群一般是依据遗传距离,或者同时构建NJ树和MP树,比较下二者差异多大。或者用DAMBE软件分析下试试

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
NCS
4楼2012-08-18 18:12:27
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)

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5楼2012-08-18 21:49:24
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普通回帖

wittyjc

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这不正说明了他们间的亲缘关系很近么。。
2楼2012-08-18 14:35:24
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)

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3楼2012-08-18 16:21:55
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Rick001

铁杆木虫 (职业作家)

钓鱼岛环保首席秘书

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用软件划分OTU以后,选取代表序列是否可以解决?
愚见!
☆☆☆想开了,便能走出去☆☆☆
6楼2012-08-18 22:46:03
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
外群选取错了,才会导致很挤。把外群移走(不一定要外群的),问题就解决了
7楼2012-08-19 00:22:32
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

引用回帖:
4楼: Originally posted by chunlong0377 at 2012-08-18 18:12:27
就我所知,序列同源型高很影响进化分析和多样性分析,你可以用MEGA分析你的序列的遗传距离,是用P值分析出来的遗传距离,金华树的群一般是依据遗传距离,或者同时构建NJ树和MP树,比较下二者差异多大。或者用DAMBE软 ...

NJ,MP,ML都是方法,对于结果的影响要小于进化模型的选取(比如HKY85).

个人推荐PAUP*,可编程,支持多种方法,可MODEL TEST,还有SH TEST啥的。不过就是不是免费的。
8楼2012-08-19 00:30:38
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)

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9楼2012-08-19 16:40:53
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)

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10楼2012-08-19 16:41:19
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