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252209196

新虫 (初入文坛)

[求助] 质谱的bottom up和top down 有什么区别啊

在做报告时发现了这个问题,可以帮忙解释下吗?
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lzjessie_wlf

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lzjessie_wlf at 2012-08-14 22:42:04
两种方法的优点在于各自分析或者表征的重点不一样吧。
"bottom up" 是在peptide level, "top down" 是intact protein level。
"top down" 可用来研究 protein conformations,  ...

更正:
FTICR (>50000)
4楼2012-08-15 20:53:07
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lzjessie_wlf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
252209196: 金币+3, ★★★很有帮助, 可否再帮忙说下两种方法的优缺点? 2012-08-14 18:30:10
小丹木木: 金币+3, 鼓励积极应助,解答问题 2012-08-15 15:26:55
说的是proteomic的bottom up 么?
  bottom up指的是proteins 先被digestion, 然后,对digestion后的peptides 分离纯化后,作MSMS.  然后, 由MSMS的片断信息从底端推导出pepetide的sequence,再将这些peptide按照digestion的规律,推断出protein的sequence.
  这个一般的MALDI都已可以表征。

top down 则是先对proteins 分离纯化, 使用MS选择特定的m/z 的蛋白,直接对蛋白作MS2, MS3, 。。。。,然后由这些碎片推断蛋白的组成。这需要特殊的质谱仪,ESI-FTICR.


http://en.wikipedia.org/wiki/File:Bottom-up_vs_top_down.svg
2楼2012-08-14 14:54:24
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lzjessie_wlf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by lzjessie_wlf at 2012-08-14 14:54:24
说的是proteomic的bottom up 么?
  bottom up指的是proteins 先被digestion, 然后,对digestion后的peptides 分离纯化后,作MSMS.  然后, 由MSMS的片断信息从底端推导出pepetide的sequence,再将这些peptide按照 ...

两种方法的优点在于各自分析或者表征的重点不一样吧。
"bottom up" 是在peptide level, "top down" 是intact protein level。
"top down" 可用来研究 protein conformations, 甚至 protein complexes,这些都有利于研究或发现疾病的mechanism,探索某些疾病的biomarker.

“top down" 优点是高通量筛选,简化了样品的制备过程和省略digestion过程。
”bottom up" 就是分辨性高,可以同时分析多个蛋白。

”bottom up"的缺点是实验步骤繁琐,数据分析量大,对于直接研究clinic sample 不如top down.
“top down"对MS仪器的分辨率要求高。一般MALDI的分辨率大概是10e4-1e5 (20000-50000), ESI 是10e3-10e4 (5000), FTICR (>500000).

具体的优缺点参考以下文献。

http://www.bio-rad.com/webroot/w ... /Bulletin_5908A.pdf
http://www.advion.com/events/documents/Advion_webinar_031311.pdf
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mas.20015/pdf
3楼2012-08-14 22:42:04
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