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质谱的bottom up和top down 有什么区别啊
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| 在做报告时发现了这个问题，可以帮忙解释下吗？ |
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【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
252209196: 金币+3, ★★★很有帮助, 可否再帮忙说下两种方法的优缺点？ 2012-08-14 18:30:10
小丹木木: 金币+3, 鼓励积极应助，解答问题 2012-08-15 15:26:55
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小丹木木: 金币+3, 鼓励积极应助，解答问题 2012-08-15 15:26:55
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说的是proteomic的bottom up 么？ bottom up指的是proteins 先被digestion, 然后，对digestion后的peptides 分离纯化后，作MSMS. 然后， 由MSMS的片断信息从底端推导出pepetide的sequence，再将这些peptide按照digestion的规律，推断出protein的sequence. 这个一般的MALDI都已可以表征。 top down 则是先对proteins 分离纯化， 使用MS选择特定的m/z 的蛋白，直接对蛋白作MS2, MS3, 。。。。，然后由这些碎片推断蛋白的组成。这需要特殊的质谱仪，ESI-FTICR. http://en.wikipedia.org/wiki/File:Bottom-up_vs_top_down.svg |
2楼2012-08-14 14:54:24
【答案】应助回帖
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两种方法的优点在于各自分析或者表征的重点不一样吧。 "bottom up" 是在peptide level， "top down" 是intact protein level。 "top down" 可用来研究 protein conformations, 甚至 protein complexes，这些都有利于研究或发现疾病的mechanism，探索某些疾病的biomarker. “top down" 优点是高通量筛选，简化了样品的制备过程和省略digestion过程。 ”bottom up" 就是分辨性高，可以同时分析多个蛋白。 ”bottom up"的缺点是实验步骤繁琐，数据分析量大，对于直接研究clinic sample 不如top down. “top down"对MS仪器的分辨率要求高。一般MALDI的分辨率大概是10e4-1e5 (20000-50000), ESI 是10e3-10e4 (5000), FTICR （>500000). 具体的优缺点参考以下文献。 http://www.bio-rad.com/webroot/w ... /Bulletin_5908A.pdf http://www.advion.com/events/documents/Advion_webinar_031311.pdf http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mas.20015/pdf |
3楼2012-08-14 22:42:04
4楼2012-08-15 20:53:07
