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zbddr

新虫 (初入文坛)

[求助] cif中氢键对称码的问题

各位大侠,我在cif中生成氢键时,1. 先在.ins中加HTAB
2. 从.lst中看到了氢键,但是却没有对称码。
然后我用platon做了个氢键,生成了对称码。然后用这个对称码加到ins中,却提示错误,不能生成氢键表。
请问各位大侠,是我的这个氢键没有对称码?还是我的方法有误?
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zbddr: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-08-07 15:17:18
linhua0402313: 金币+1, 感谢参与交流,希望对楼主有帮助 2012-08-07 20:18:22
zbddr: 金币+8 2012-08-08 09:55:01
如果LIS文件中给出的是已经存在的A原子与B之间的氢键,不用什么对称码。
直接HTAB  A  B
就可以了。
如果是A与由对称操作产生的B之间的氢键,则先要用对称操作定义B原子,
如 EQIV $1  x,y-1,z
然后再 HTAB A B_$1
2楼2012-08-07 14:29:55
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zbddr

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yytsnake at 2012-08-07 14:29:55
如果LIS文件中给出的是已经存在的A原子与B之间的氢键,不用什么对称码。
直接HTAB  A  B
就可以了。
如果是A与由对称操作产生的B之间的氢键,则先要用对称操作定义B原子,
如 EQIV $1  x,y-1,z
然后再 HTAB A  ...

高手,这是我.lst中的氢键表
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
N1-H1          0.860    2.237   153.50    3.031    N4

N3-H3          0.860    2.280   150.83    3.060    N2
按你说的,N1与N4,N3与N2之间是没有对称码的。但是我看acta E里面的氢键表都有对称码,如果我要产生对称码,应该在那么做?
3楼2012-08-07 15:17:01
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)


zbddr: 回帖置顶 2012-08-07 15:42:03
zbddr: 取消置顶 2012-08-07 15:53:29
linhua0402313: 金币+1, 感谢老师热心参与,说的很有道理,挺有诗意的 2012-08-07 20:19:49
引用回帖:
3楼: Originally posted by zbddr at 2012-08-07 15:17:01
高手,这是我.lst中的氢键表
Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and  <DHA > 110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   <DHA    d(D..A)   A

N1-H1          0.860     ...

不要为赋新词强说愁。
没有就是没有。
xi2004-emuch@163.com
4楼2012-08-07 15:32:26
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