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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 4%PAGE（聚丙烯酰胺凝胶电泳）250bp处条带出现扭曲，求助！
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coal@live.cn

新虫 (小有名气)

[求助] 4%PAGE（聚丙烯酰胺凝胶电泳）250bp处条带出现扭曲，求助！

如图，我用的是4%非变性聚丙烯酰胺凝胶，跑的是SRAP-PCR程序，两张图的marker都是DL2000，两张图里DL2000的100bp条带均已跑出，故扭曲/压缩处对应的分子量是250bp。
请问这种统一而有规律的条带扭曲是怎么形成的，如何避免？

SRAP01



SRAP02
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1楼 2012-08-06 19:34:44
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

wu_shiyong

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-08-07 15:41:10
coal@live.cn: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 正解啊！ 2012-08-09 22:10:53
跑时溴酚蓝成一条很浓的直线，没有分开。
电压低点，还有把你用的溴酚蓝换啦，重新配。
赞一下(1人) 回复此楼
低调稳重务实内敛---------------残
3楼2012-08-07 10:02:45
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mlanqiang

木虫之王 (文学泰斗)

蓝博士

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
coal@live.cn: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢啦！ 2012-08-09 22:11:18
溴酚蓝可能已经过期了，重新配一下看看。
赞一下(1人) 回复此楼
蓝精灵
7楼2012-08-07 20:17:21
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coal@live.cn

新虫 (小有名气)
最近试了下6%的非变性胶（1L用的是4%），发现扭曲线（即在该直线上所有泳道统一发生扭曲和压缩，由图可见）转移到了100bp左右。

现在我也开始怀疑这个现象是溴酚兰（其中的蔗糖）导致的，因为4%的胶中扭曲出现在250bp，而6%的胶中出现在100bp，跟溴酚兰的浓胶中的等效片段小于稀胶这个现象相一致。

不知各位还有什么高见，这个问题又该如何解决？

6%非变性胶，SRAP
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15楼2012-08-08 20:29:57
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普通回帖

霹雳光

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
是不是胶有问题啊
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事实证明，除了你自己，不要指望任何一个人
2楼2012-08-06 20:43:06
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wq123good

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-08-07 15:41:19
有低电压慢慢跑，底部的溴酚蓝是你自己切下去的吧，要等它自己从胶中跑出来
胶的底部气泡是否排出干净，这个很重要
赞一下 回复此楼
过好每一天
4楼2012-08-07 11:25:58
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q307078056

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-08-08 14:18:40
1、请更换你的缓冲液，缓冲液浓度不均匀会引起电场不稳，很容易导致胶边缘的核酸出现变形

2、核酸的定性要做好，时间做足··

3、灌胶应一次成型，避免漏胶跟二次补胶。

4、TEMED别过量
赞一下 回复此楼
人生不是一种享受，而是一桩沉重异常的工作
5楼2012-08-07 16:33:54
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-08-08 14:18:53
1，调低电泳电压。
2，电泳前确保胶下部没有气泡。
3，夹夹子时两面过紧或过松也容易出现类似现象。
此外,楼主PCR条件还需要调整，你的整个泳道几乎都是SMEAR.
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6楼2012-08-07 19:18:48
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coal@live.cn

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 霹雳光 at 2012-08-06 20:43:06
是不是胶有问题啊

没有问题，上面就跑的很正常。
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8楼2012-08-08 19:22:06
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coal@live.cn

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wu_shiyong at 2012-08-07 10:02:45
跑时溴酚蓝成一条很浓的直线，没有分开。
电压低点，还有把你用的溴酚蓝换啦，重新配。

嗯，我用的是自配的loading buffer（0.25%溴酚兰，40%蔗糖），上样前每份样品添加1/2体积的loading buffer，跑电泳时溴酚兰的确是呈一条直线（有些粗而淡），但这不是很正常吗？

溴酚兰是这周刚配的，但是没过滤。
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9楼2012-08-08 19:35:24
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coal@live.cn

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wq123good at 2012-08-07 11:25:58
有低电压慢慢跑，底部的溴酚蓝是你自己切下去的吧，要等它自己从胶中跑出来
胶的底部气泡是否排出干净，这个很重要

溴酚兰是跑出的。玻璃板下面的缺失部分是用来封胶（封槽子）的琼脂糖，显影前我就剥掉了。

胶的底部无气泡，由图可见。
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10楼2012-08-08 19:45:13
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