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hengyue5257

木虫 (著名写手)

[求助] 高通量测序分析微生物物种的丰度

最近想利用高通量测序仪来分析环境微生物群落,问个问题。高通量测序能分析微生物的丰度至属吗?华大说用Illumina测序16S rRNA只能分析至科,这样对我来说意义不大,如果能分析到属,意义就大多了。是否真的如华大所述?
由于目前只想知道物种的丰度,不想了解功能基因,所以只想测16S rRNA。如果能有意义才会去做de nove 测序。
另外能否自己扩增出V6区,然后用454测序而不用Illumina测序?
望高手赐教!
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hengyue5257

木虫 (著名写手)

hengyue5257: 回帖置顶 2012-08-16 21:01:40
还有没有人回复了哇?
7楼2012-08-16 21:01:34
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

girlfisher

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hengyue5257: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-08-04 10:29:29
rainwander: 金币+1, 鼓励交流 2012-08-16 21:07:14
V12, V45和V56的片断长度比较适合454测序测通,当然也有用其他双区的,你需要查查关于你的环境样品的454测序分析多样性的论文,引物和测序区域的选择非常讲究。
5楼2012-08-04 10:03:58
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!


rainwander: 金币+1, 鼓励交流 2012-09-20 08:40:19
得到4个可变区,你通过PCR就可以得到了,就是454测序平均读长约400bp左右,你PCR出来的结果太长,不可能测通的,像前面说的,能测个2个区就差不多了;
多少reads是根据你的环境微生物的丰度来看的,假设你的样品就10种微生物,一般100reads就够了,如果你的有1W种,那想都分析到的话,reads可多了。。。
9楼2012-09-19 16:53:23
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普通回帖

girlfisher

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+1, 鼓励发帖交流问题。 2012-08-03 18:18:07
hengyue5257: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-08-03 19:41:14
对于复杂环境样品,454测超过400bp(2个可变区)才一般可以把一半序列分类到属,V6片断太短不利于分类。
2楼2012-08-03 14:17:50
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luckyforus66

新虫 (小有名气)

应该可以!
3楼2012-08-03 15:10:51
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hengyue5257

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by girlfisher at 2012-08-03 14:17:50
对于复杂环境样品,454测超过400bp(2个可变区)才一般可以把一半序列分类到属,V6片断太短不利于分类。

如果用454测序还想做出属的丰度,怎么做?V4-V6?
4楼2012-08-03 16:54:21
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hengyue5257

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by girlfisher at 2012-08-04 10:03:58
V12, V45和V56的片断长度比较适合454测序测通,当然也有用其他双区的,你需要查查关于你的环境样品的454测序分析多样性的论文,引物和测序区域的选择非常讲究。

之前不是做环境微生物的,不懂中间的问题。如果是双区测序,假设为V5-V6,怎么PCR呢?不太懂高变区的关系。
另外您说454测超过400bp(2个可变区)才一般可以把一半序列分类到属,要像达到全部得4个可变区?要是4个可变区,得多少条reads够呢?谢谢!
6楼2012-08-04 10:29:09
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飞翔珊瑚海

新虫 (初入文坛)

为什么分析到属,意义就大多了?接下来还能分析什么呢?
8楼2012-09-19 16:09:22
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hengyue5257

木虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 飞翔珊瑚海 at 2012-09-19 16:09:22
为什么分析到属,意义就大多了?接下来还能分析什么呢?

10楼2012-09-20 14:44:46
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