24小时热门版块排行榜    

查看: 4452  |  回复: 13
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

hengyue5257

木虫 (著名写手)

[求助] 高通量测序分析微生物物种的丰度

最近想利用高通量测序仪来分析环境微生物群落,问个问题。高通量测序能分析微生物的丰度至属吗?华大说用Illumina测序16S rRNA只能分析至科,这样对我来说意义不大,如果能分析到属,意义就大多了。是否真的如华大所述?
由于目前只想知道物种的丰度,不想了解功能基因,所以只想测16S rRNA。如果能有意义才会去做de nove 测序。
另外能否自己扩增出V6区,然后用454测序而不用Illumina测序?
望高手赐教!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飞翔珊瑚海

新虫 (初入文坛)

为什么分析到属,意义就大多了?接下来还能分析什么呢?
8楼2012-09-19 16:09:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

girlfisher

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+1, 鼓励发帖交流问题。 2012-08-03 18:18:07
hengyue5257: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-08-03 19:41:14
对于复杂环境样品,454测超过400bp(2个可变区)才一般可以把一半序列分类到属,V6片断太短不利于分类。
2楼2012-08-03 14:17:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hengyue5257

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by girlfisher at 2012-08-03 14:17:50
对于复杂环境样品,454测超过400bp(2个可变区)才一般可以把一半序列分类到属,V6片断太短不利于分类。

如果用454测序还想做出属的丰度,怎么做?V4-V6?
4楼2012-08-03 16:54:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

girlfisher

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hengyue5257: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-08-04 10:29:29
rainwander: 金币+1, 鼓励交流 2012-08-16 21:07:14
V12, V45和V56的片断长度比较适合454测序测通,当然也有用其他双区的,你需要查查关于你的环境样品的454测序分析多样性的论文,引物和测序区域的选择非常讲究。
5楼2012-08-04 10:03:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0856材料求调剂 +9 hyf hyf hyf 2026-02-28 10/500 2026-02-28 18:22 by liqiongjy
[考研] 高分子化学与物理调剂 +4 好好好1233 2026-02-28 5/250 2026-02-28 18:20 by liqiongjy
[教师之家] 版面费该交吗 +15 苹果在哪里 2026-02-22 18/900 2026-02-28 18:20 by mibaomingg
[考研] 285求调剂 +5 满头大汗的学生 2026-02-28 5/250 2026-02-28 18:10 by 材料专硕调剂;
[考研] 材料类求调剂 +4 wana_kiko 2026-02-28 4/200 2026-02-28 18:08 by djennjx
[考研] 298求调剂 +4 人间唯你是清欢 2026-02-28 4/200 2026-02-28 18:08 by njzyff
[考研] 材料调剂 +3 爱擦汗的可乐冰 2026-02-28 3/150 2026-02-28 18:06 by houyaoxu
[考研] 276求调剂 +3 路lyh123 2026-02-28 3/150 2026-02-28 18:02 by houyaoxu
[考研] 085600材料工程一志愿中科大总分312求调剂 +5 吃宵夜1 2026-02-28 7/350 2026-02-28 17:57 by njzyff
[考研] 311求调剂 +6 南迦720 2026-02-28 6/300 2026-02-28 17:17 by 刘茉莉
[考博] 博士自荐 +3 kkluvs 2026-02-28 3/150 2026-02-28 16:59 by StarAura
[考博] 博士推荐 +4 花儿笑? 2026-02-21 5/250 2026-02-28 16:55 by mumin1990
[考研] 265分求调剂不调专业和学校有行学上就 +4 礼堂丁真258 2026-02-28 6/300 2026-02-28 16:18 by 求调剂zz
[考研] 0856调剂 +3 刘梦微 2026-02-28 3/150 2026-02-28 13:22 by houyaoxu
[考研] 寻找调剂 +3 LYidhsjabdj 2026-02-28 3/150 2026-02-28 12:59 by miniwendy
[考研] 304求调剂 +5 曼殊2266 2026-02-28 6/300 2026-02-28 12:44 by 迷糊CCPs
[硕博家园] 博士自荐 +6 科研狗111 2026-02-26 9/450 2026-02-28 12:32 by seaskyy
[基金申请] 什么是人一生最重要的? +10 瞬息宇宙 2026-02-21 10/500 2026-02-27 08:46 by tfang
[基金申请] 面上可以超过30页吧? +12 阿拉贡aragon 2026-02-22 13/650 2026-02-26 22:09 by Hahaxia
[硕博家园] 【博士招生】太原理工大学2026化工博士 +4 N1ce_try 2026-02-24 8/400 2026-02-26 08:40 by N1ce_try
信息提示
请填处理意见