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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 高通量测序分析微生物物种的丰度
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hengyue5257

木虫 (著名写手)

[求助] 高通量测序分析微生物物种的丰度

最近想利用高通量测序仪来分析环境微生物群落，问个问题。高通量测序能分析微生物的丰度至属吗？华大说用Illumina测序16S rRNA只能分析至科，这样对我来说意义不大，如果能分析到属，意义就大多了。是否真的如华大所述？
由于目前只想知道物种的丰度，不想了解功能基因，所以只想测16S rRNA。如果能有意义才会去做de nove 测序。
另外能否自己扩增出V6区，然后用454测序而不用Illumina测序？
望高手赐教！
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1楼 2012-08-03 13:50:00
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

girlfisher

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hengyue5257: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-08-04 10:29:29
rainwander: 金币+1, 鼓励交流 2012-08-16 21:07:14
V12, V45和V56的片断长度比较适合454测序测通,当然也有用其他双区的，你需要查查关于你的环境样品的454测序分析多样性的论文，引物和测序区域的选择非常讲究。
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5楼2012-08-04 10:03:58
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★
rainwander: 金币+1, 鼓励交流 2012-09-20 08:40:19
得到4个可变区，你通过PCR就可以得到了，就是454测序平均读长约400bp左右，你PCR出来的结果太长，不可能测通的，像前面说的，能测个2个区就差不多了；
多少reads是根据你的环境微生物的丰度来看的，假设你的样品就10种微生物，一般100reads就够了，如果你的有1W种，那想都分析到的话，reads可多了。。。
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9楼2012-09-19 16:53:23
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普通回帖

girlfisher

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+1, 鼓励发帖交流问题。 2012-08-03 18:18:07
hengyue5257: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-08-03 19:41:14
对于复杂环境样品，454测超过400bp(2个可变区)才一般可以把一半序列分类到属，V6片断太短不利于分类。
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2楼2012-08-03 14:17:50
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luckyforus66

新虫 (小有名气)
应该可以！
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3楼2012-08-03 15:10:51
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hengyue5257

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by girlfisher at 2012-08-03 14:17:50
对于复杂环境样品，454测超过400bp(2个可变区)才一般可以把一半序列分类到属，V6片断太短不利于分类。

如果用454测序还想做出属的丰度，怎么做？V4-V6？
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4楼2012-08-03 16:54:21
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hengyue5257

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by girlfisher at 2012-08-04 10:03:58
V12, V45和V56的片断长度比较适合454测序测通,当然也有用其他双区的，你需要查查关于你的环境样品的454测序分析多样性的论文，引物和测序区域的选择非常讲究。

之前不是做环境微生物的，不懂中间的问题。如果是双区测序，假设为V5-V6，怎么PCR呢？不太懂高变区的关系。
另外您说454测超过400bp(2个可变区)才一般可以把一半序列分类到属，要像达到全部得4个可变区？要是4个可变区，得多少条reads够呢？谢谢！
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6楼2012-08-04 10:29:09
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hengyue5257

木虫 (著名写手)
hengyue5257: 回帖置顶 2012-08-16 21:01:40
还有没有人回复了哇？
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7楼2012-08-16 21:01:34
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飞翔珊瑚海

新虫 (初入文坛)
为什么分析到属，意义就大多了？接下来还能分析什么呢？
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8楼2012-09-19 16:09:22
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hengyue5257

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 飞翔珊瑚海 at 2012-09-19 16:09:22
为什么分析到属，意义就大多了？接下来还能分析什么呢？

10楼2012-09-20 14:44:46
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