应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 高通量测序分析微生物物种的丰度
141/2返回列表12下一页
查看: 4462  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hengyue5257

木虫 (著名写手)

[求助] 高通量测序分析微生物物种的丰度

最近想利用高通量测序仪来分析环境微生物群落，问个问题。高通量测序能分析微生物的丰度至属吗？华大说用Illumina测序16S rRNA只能分析至科，这样对我来说意义不大，如果能分析到属，意义就大多了。是否真的如华大所述？
由于目前只想知道物种的丰度，不想了解功能基因，所以只想测16S rRNA。如果能有意义才会去做de nove 测序。
另外能否自己扩增出V6区，然后用454测序而不用Illumina测序？
望高手赐教！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

科研&生活。 微生物多样性 高通量测序

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-08-03 13:50:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

girlfisher

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hengyue5257: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-08-04 10:29:29
rainwander: 金币+1, 鼓励交流 2012-08-16 21:07:14
V12, V45和V56的片断长度比较适合454测序测通,当然也有用其他双区的，你需要查查关于你的环境样品的454测序分析多样性的论文，引物和测序区域的选择非常讲究。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2012-08-04 10:03:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★
rainwander: 金币+1, 鼓励交流 2012-09-20 08:40:19
得到4个可变区，你通过PCR就可以得到了，就是454测序平均读长约400bp左右，你PCR出来的结果太长，不可能测通的，像前面说的，能测个2个区就差不多了；
多少reads是根据你的环境微生物的丰度来看的，假设你的样品就10种微生物，一般100reads就够了，如果你的有1W种，那想都分析到的话，reads可多了。。。
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2012-09-19 16:53:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

girlfisher

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+1, 鼓励发帖交流问题。 2012-08-03 18:18:07
hengyue5257: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-08-03 19:41:14
对于复杂环境样品，454测超过400bp(2个可变区)才一般可以把一半序列分类到属，V6片断太短不利于分类。
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-03 14:17:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luckyforus66

新虫 (小有名气)
应该可以！
回复此楼
3楼2012-08-03 15:10:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hengyue5257

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by girlfisher at 2012-08-03 14:17:50
对于复杂环境样品，454测超过400bp(2个可变区)才一般可以把一半序列分类到属，V6片断太短不利于分类。

如果用454测序还想做出属的丰度，怎么做？V4-V6？
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-03 16:54:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hengyue5257

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by girlfisher at 2012-08-04 10:03:58
V12, V45和V56的片断长度比较适合454测序测通,当然也有用其他双区的，你需要查查关于你的环境样品的454测序分析多样性的论文，引物和测序区域的选择非常讲究。

之前不是做环境微生物的，不懂中间的问题。如果是双区测序，假设为V5-V6，怎么PCR呢？不太懂高变区的关系。
另外您说454测超过400bp(2个可变区)才一般可以把一半序列分类到属，要像达到全部得4个可变区？要是4个可变区，得多少条reads够呢？谢谢！
赞一下 回复此楼
6楼2012-08-04 10:29:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hengyue5257

木虫 (著名写手)
hengyue5257: 回帖置顶 2012-08-16 21:01:40
还有没有人回复了哇？
赞一下 回复此楼
7楼2012-08-16 21:01:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飞翔珊瑚海

新虫 (初入文坛)
为什么分析到属，意义就大多了？接下来还能分析什么呢？
赞一下 回复此楼
8楼2012-09-19 16:09:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hengyue5257

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 飞翔珊瑚海 at 2012-09-19 16:09:22
为什么分析到属，意义就大多了？接下来还能分析什么呢？

10楼2012-09-20 14:44:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hengyue5257 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 303求调剂 +3 睿08 2026-03-17 5/250 2026-03-17 22:01 by 睿08
[考研] 299求调剂 +4 △小透明* 2026-03-17 4/200 2026-03-17 20:09 by peike
[考研] 26考研求调剂 +6 丶宏Sir 2026-03-13 6/300 2026-03-17 16:13 by 醉在风里
[考研] 一志愿苏州大学材料工程（085601）专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
[考研] 289求调剂 +6 步川酷紫123 2026-03-11 6/300 2026-03-17 10:23 by Sammy2
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 286求调剂 +3 lemonzzn 2026-03-16 5/250 2026-03-16 20:43 by lemonzzn
[考研] 0703化学调剂 +6 妮妮ninicgb 2026-03-15 9/450 2026-03-16 16:40 by houyaoxu
[考研] 321求调剂 +5 大米饭！ 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 283求调剂 +10 小楼。 2026-03-12 14/700 2026-03-16 16:08 by 13811244083
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[考研] 297求调剂 +4 学海漂泊 2026-03-13 4/200 2026-03-14 11:51 by 热情沙漠
[考研] 331求调剂（0703有机化学 +5 ZY-05 2026-03-13 6/300 2026-03-14 10:51 by Jy?
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-03-13 4/200 2026-03-14 08:37 by zhukairuo
[考研] 求调剂（材料与化工327） +4 爱吃香菜啦 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:11 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +7 7712b 2026-03-13 7/350 2026-03-13 21:42 by peike
[考研] 26调剂/材料科学与工程/总分295/求收留 +9 2026调剂侠 2026-03-12 9/450 2026-03-13 20:46 by 18595523086
[考研] 307求调剂 +5 超级伊昂大王 2026-03-12 5/250 2026-03-13 15:56 by 棒棒球手
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭