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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Semi-empirical » 分子构型内坐标
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医无止境

木虫 (正式写手)

[求助] 分子构型内坐标

我有一个分子不同构型，要做势能面。起始构型和最终构型用molden产生的内坐标分子编号不一样。比如在起始构型中前两个原子是C，第三个原子是N，但是在最终构型中第一个原子是N，后两个原子是C，其他原子也是这样。不知道有没有高手指教一下如何让二者的原子编号一致？
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1楼2012-07-27 13:58:45
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你所说的原子编号一致是什么意思？是原子在体系中的顺序还是什么？
建议你用高斯v好办··
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叫老猫的兔子
2楼2012-07-27 16:12:01
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医无止境

木虫 (正式写手)
就是在坐标文件中的顺序。
起始构型的坐标：
C    0.000000 0    0.000000 0    0.000000 0       0    0    0
C    1.459579 1    0.000000 0    0.000000 0       1    0    0
N    1.390916 1  106.732079 1    0.000000 0       2    1    0
C    1.364913 1  108.850891 1    0.047541 0       3    2    1
C    1.407657 1  110.659248 1   -0.098640 0       4    3    2
C    1.376088 1  127.824364 1 -179.209427 0       2    3    4
C    1.466804 1  130.010773 1    3.833947 0       6    2    3
C    1.447476 1  101.238815 1  174.273392 0       7    6    2
C    1.483004 1  107.905342 1    0.744896 0       8    7    6
N    1.303863 1  113.114975 1   -0.363586 0       9    8    7
O    1.238165 1  124.152420 1 -176.521088 0       7    6   10
O    1.319830 1  124.121216 1   -0.500306 0       1    2    6
H    1.023530 0  122.964378 1   -0.488791 0       3    2    6
H    1.75758  0  101.123    1  176.286    0      10    6    7
H    1.085528 1  123.338448 1  179.186676 0       4    3    2
H    1.072956 1  126.664810 1 -179.113297 0       5    4    3
H    1.072915 1  127.188560 1 -174.600540 0       8    7    6
H    1.095070 1  124.884918 1 -178.137787 0       9   10    6

最终构型的坐 标：
C    0.000000 0    0.000000 0    0.000000 0       0    0    0
C    1.430535 1    0.000000 0    0.000000 0       1    0    0
N    1.483750 1  114.222466 1    0.000000 0       2    1    0
C    1.283000 1  104.978477 1    0.000000 1       3    2    1
C    1.535840 1  112.406761 1    0.000000 1       4    3    2
C    1.381620 1  125.199867 1  180.000000 1       2    3    4
N    1.395180 1  118.160851 1  180.000000 1       6    2    3
C    1.353457 1  109.277176 1  180.000000 1       7    6    2
C    1.411010 1  110.284065 1    0.000000 1       8    7    6
C    1.401160 1  106.938889 1    0.000000 1       9    8    7
O    1.326700 1  127.393051 1  180.000000 1      10    6    7
O    1.256460 1  123.932175 1    0.000000 1       1    2    6
H    1.058370 1  117.981056 1  180.000000 1       7    6   10
H    0.998610 1  108.646553 1    0.000000 1      11   10    6
H    1.088930 1  123.888947 1  180.000000 1       8    7    6
H    1.074210 1  126.575951 1  180.000000 1       9   10    6
H    1.078420 1  124.539871 1  180.000000 1       5    4    3
H    1.091890 1  126.654388 1  180.000000 1       4    3    2
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3楼2012-07-27 16:28:45
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