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医无止境木虫 (正式写手)
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分子构型内坐标
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| 我有一个分子不同构型，要做势能面。起始构型和最终构型用molden产生的内坐标分子编号不一样。比如在起始构型中前两个原子是C，第三个原子是N，但是在最终构型中第一个原子是N，后两个原子是C，其他原子也是这样。不知道有没有高手指教一下如何让二者的原子编号一致？ |
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2楼2012-07-27 16:12:01
医无止境
木虫 (正式写手)
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就是在坐标文件中的顺序。 起始构型的坐标： C 0.000000 0 0.000000 0 0.000000 0 0 0 0 C 1.459579 1 0.000000 0 0.000000 0 1 0 0 N 1.390916 1 106.732079 1 0.000000 0 2 1 0 C 1.364913 1 108.850891 1 0.047541 0 3 2 1 C 1.407657 1 110.659248 1 -0.098640 0 4 3 2 C 1.376088 1 127.824364 1 -179.209427 0 2 3 4 C 1.466804 1 130.010773 1 3.833947 0 6 2 3 C 1.447476 1 101.238815 1 174.273392 0 7 6 2 C 1.483004 1 107.905342 1 0.744896 0 8 7 6 N 1.303863 1 113.114975 1 -0.363586 0 9 8 7 O 1.238165 1 124.152420 1 -176.521088 0 7 6 10 O 1.319830 1 124.121216 1 -0.500306 0 1 2 6 H 1.023530 0 122.964378 1 -0.488791 0 3 2 6 H 1.75758 0 101.123 1 176.286 0 10 6 7 H 1.085528 1 123.338448 1 179.186676 0 4 3 2 H 1.072956 1 126.664810 1 -179.113297 0 5 4 3 H 1.072915 1 127.188560 1 -174.600540 0 8 7 6 H 1.095070 1 124.884918 1 -178.137787 0 9 10 6 最终构型的坐 标： C 0.000000 0 0.000000 0 0.000000 0 0 0 0 C 1.430535 1 0.000000 0 0.000000 0 1 0 0 N 1.483750 1 114.222466 1 0.000000 0 2 1 0 C 1.283000 1 104.978477 1 0.000000 1 3 2 1 C 1.535840 1 112.406761 1 0.000000 1 4 3 2 C 1.381620 1 125.199867 1 180.000000 1 2 3 4 N 1.395180 1 118.160851 1 180.000000 1 6 2 3 C 1.353457 1 109.277176 1 180.000000 1 7 6 2 C 1.411010 1 110.284065 1 0.000000 1 8 7 6 C 1.401160 1 106.938889 1 0.000000 1 9 8 7 O 1.326700 1 127.393051 1 180.000000 1 10 6 7 O 1.256460 1 123.932175 1 0.000000 1 1 2 6 H 1.058370 1 117.981056 1 180.000000 1 7 6 10 H 0.998610 1 108.646553 1 0.000000 1 11 10 6 H 1.088930 1 123.888947 1 180.000000 1 8 7 6 H 1.074210 1 126.575951 1 180.000000 1 9 10 6 H 1.078420 1 124.539871 1 180.000000 1 5 4 3 H 1.091890 1 126.654388 1 180.000000 1 4 3 2 |
3楼2012-07-27 16:28:45
