应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Semi-empirical » 分子构型内坐标
31/1返回列表
查看: 1083  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

医无止境

木虫 (正式写手)

[求助] 分子构型内坐标

我有一个分子不同构型，要做势能面。起始构型和最终构型用molden产生的内坐标分子编号不一样。比如在起始构型中前两个原子是C，第三个原子是N，但是在最终构型中第一个原子是N，后两个原子是C，其他原子也是这样。不知道有没有高手指教一下如何让二者的原子编号一致？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

量化计算有意义的讨论 科技

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-07-27 13:58:45
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你所说的原子编号一致是什么意思？是原子在体系中的顺序还是什么？
建议你用高斯v好办··
赞一下 回复此楼
叫老猫的兔子
2楼2012-07-27 16:12:01
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

医无止境

木虫 (正式写手)
就是在坐标文件中的顺序。
起始构型的坐标：
C    0.000000 0    0.000000 0    0.000000 0       0    0    0
C    1.459579 1    0.000000 0    0.000000 0       1    0    0
N    1.390916 1  106.732079 1    0.000000 0       2    1    0
C    1.364913 1  108.850891 1    0.047541 0       3    2    1
C    1.407657 1  110.659248 1   -0.098640 0       4    3    2
C    1.376088 1  127.824364 1 -179.209427 0       2    3    4
C    1.466804 1  130.010773 1    3.833947 0       6    2    3
C    1.447476 1  101.238815 1  174.273392 0       7    6    2
C    1.483004 1  107.905342 1    0.744896 0       8    7    6
N    1.303863 1  113.114975 1   -0.363586 0       9    8    7
O    1.238165 1  124.152420 1 -176.521088 0       7    6   10
O    1.319830 1  124.121216 1   -0.500306 0       1    2    6
H    1.023530 0  122.964378 1   -0.488791 0       3    2    6
H    1.75758  0  101.123    1  176.286    0      10    6    7
H    1.085528 1  123.338448 1  179.186676 0       4    3    2
H    1.072956 1  126.664810 1 -179.113297 0       5    4    3
H    1.072915 1  127.188560 1 -174.600540 0       8    7    6
H    1.095070 1  124.884918 1 -178.137787 0       9   10    6

最终构型的坐 标：
C    0.000000 0    0.000000 0    0.000000 0       0    0    0
C    1.430535 1    0.000000 0    0.000000 0       1    0    0
N    1.483750 1  114.222466 1    0.000000 0       2    1    0
C    1.283000 1  104.978477 1    0.000000 1       3    2    1
C    1.535840 1  112.406761 1    0.000000 1       4    3    2
C    1.381620 1  125.199867 1  180.000000 1       2    3    4
N    1.395180 1  118.160851 1  180.000000 1       6    2    3
C    1.353457 1  109.277176 1  180.000000 1       7    6    2
C    1.411010 1  110.284065 1    0.000000 1       8    7    6
C    1.401160 1  106.938889 1    0.000000 1       9    8    7
O    1.326700 1  127.393051 1  180.000000 1      10    6    7
O    1.256460 1  123.932175 1    0.000000 1       1    2    6
H    1.058370 1  117.981056 1  180.000000 1       7    6   10
H    0.998610 1  108.646553 1    0.000000 1      11   10    6
H    1.088930 1  123.888947 1  180.000000 1       8    7    6
H    1.074210 1  126.575951 1  180.000000 1       9   10    6
H    1.078420 1  124.539871 1  180.000000 1       5    4    3
H    1.091890 1  126.654388 1  180.000000 1       4    3    2
赞一下 回复此楼
3楼2012-07-27 16:28:45
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 医无止境 的主题更新
31/1返回列表
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 u1xkze8ybe 2026-07-30 7/350 2026-07-31 12:10 by syhhffkrym
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 u1xkze8ybe 2026-07-30 3/150 2026-07-31 12:08 by syhhffkrym
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 u1xkze8ybe 2026-07-30 6/300 2026-07-31 12:05 by syhhffkrym
[教师之家] 基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成 拉横向，都有哪些途径啊 +6 锦衣卫寒战 2026-07-28 6/300 2026-07-31 11:27 by syl200707
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 小木虫看见有人已经知道结果了 +15 1234567wang 2026-07-25 19/950 2026-07-31 08:30 by ZJTJZ
[基金申请] 2026年国自然面上资助率 +8 布布和一二 2026-07-30 8/400 2026-07-31 01:51 by alongwaytogo
[基金申请] 系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[基金申请] 微信指数没变化，科研之友没阅读 +14 wangze12014 2026-07-28 17/850 2026-07-30 20:10 by kissu88
[考博] 申请2027年材料/化学类博士 10+3 考研老狗? 2026-07-25 5/250 2026-07-30 19:33 by 白色木鱼
[基金申请] 你们的时间戳变了吗 +3 archvillain 2026-07-30 4/200 2026-07-30 18:53 by levinzhwen
[基金申请] 今年的WR进展到哪一步了？ +5 wsgjhwz 2026-07-25 9/450 2026-07-30 12:59 by 可淡不可忘
[有机交流] 产物和副产物价值比较 30+4 小汤02 2026-07-27 5/250 2026-07-30 12:44 by czyzsu
[基金申请] 时间戳他又来了 +14 晓晓爱翠翠 2026-07-26 17/850 2026-07-29 16:30 by 呵呵二哥
[有机交流] 这个自发加氧反应的机理是什么？ 50+4 YUAN2273 2026-07-25 7/350 2026-07-29 12:27 by xiaobenpu
[基金申请] 没消息就是被刷了呗 +13 lambert2014 2026-07-24 14/700 2026-07-29 10:38 by msh145800
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 11/550 2026-07-29 05:50 by drbart
[基金申请] 同事接到电话了，我却没有 +4 1234567wang 2026-07-27 4/200 2026-07-28 10:11 by GOODLUCKER
[基金申请] 准备明年的基金了 +5 Tide man 2026-07-27 5/250 2026-07-28 09:25 by newfuzzy1
[分析] 水蒸气蒸馏法乳化现象 +3 月光娇娇 2026-07-26 3/150 2026-07-26 23:25 by caiyun
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭