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医无止境

木虫 (正式写手)

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[求助] 分子构型内坐标

我有一个分子不同构型，要做势能面。起始构型和最终构型用molden产生的内坐标分子编号不一样。比如在起始构型中前两个原子是C，第三个原子是N，但是在最终构型中第一个原子是N，后两个原子是C，其他原子也是这样。不知道有没有高手指教一下如何让二者的原子编号一致？

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1楼2012-07-27 13:58:45

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医无止境

木虫 (正式写手)

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就是在坐标文件中的顺序。
起始构型的坐标：
C 0.000000 0 0.000000 0 0.000000 0    0 0 0
C 1.459579 1 0.000000 0 0.000000 0    1 0 0
N 1.390916 1  106.732079 1 0.000000 0    2 1 0
C 1.364913 1  108.850891 1 0.047541 0    3 2 1
C 1.407657 1  110.659248 1 -0.098640 0    4 3 2
C 1.376088 1  127.824364 1 -179.209427 0    2 3 4
C 1.466804 1  130.010773 1 3.833947 0    6 2 3
C 1.447476 1  101.238815 1  174.273392 0    7 6 2
C 1.483004 1  107.905342 1 0.744896 0    8 7 6
N 1.303863 1  113.114975 1 -0.363586 0    9 8 7
O 1.238165 1  124.152420 1 -176.521088 0    7 6 10
O 1.319830 1  124.121216 1 -0.500306 0    1 2 6
H 1.023530 0  122.964378 1 -0.488791 0    3 2 6
H 1.75758  0  101.123 1  176.286 0    10 6 7
H 1.085528 1  123.338448 1  179.186676 0    4 3 2
H 1.072956 1  126.664810 1 -179.113297 0    5 4 3
H 1.072915 1  127.188560 1 -174.600540 0    8 7 6
H 1.095070 1  124.884918 1 -178.137787 0    9 10 6

最终构型的坐标：
C 0.000000 0 0.000000 0 0.000000 0    0 0 0
C 1.430535 1 0.000000 0 0.000000 0    1 0 0
N 1.483750 1  114.222466 1 0.000000 0    2 1 0
C 1.283000 1  104.978477 1 0.000000 1    3 2 1
C 1.535840 1  112.406761 1 0.000000 1    4 3 2
C 1.381620 1  125.199867 1  180.000000 1    2 3 4
N 1.395180 1  118.160851 1  180.000000 1    6 2 3
C 1.353457 1  109.277176 1  180.000000 1    7 6 2
C 1.411010 1  110.284065 1 0.000000 1    8 7 6
C 1.401160 1  106.938889 1 0.000000 1    9 8 7
O 1.326700 1  127.393051 1  180.000000 1    10 6 7
O 1.256460 1  123.932175 1 0.000000 1    1 2 6
H 1.058370 1  117.981056 1  180.000000 1    7 6 10
H 0.998610 1  108.646553 1 0.000000 1    11 10 6
H 1.088930 1  123.888947 1  180.000000 1    8 7 6
H 1.074210 1  126.575951 1  180.000000 1    9 10 6
H 1.078420 1  124.539871 1  180.000000 1    5 4 3
H 1.091890 1  126.654388 1  180.000000 1    4 3 2