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sxxuan

金虫 (著名写手)

[求助] 小片段双酶切求助,急急急

最近在做小片段载体的构建,目的片段只有60bp左右,已经成功连接到pMD18-T中,需要双酶切后连接到pET28a中,但是怎么切怎么连都是假阳性,怎么办?
附上双酶切图片,Takara 50bp的marker,感觉小片段好像被切散了,请大家帮忙解决呀,都构建了两个星期了,老大催得紧亚历山大呀!
双酶切体系
质粒   30ul
酶     各1ul
10*buffer    5ul
100*BSA       0.5ul
TE         12.5ul
37℃ 2h

割胶回收的最后一步30ul洗脱,连接
pET28a    1ul
小片段   7ul
T4 ligase   1ul
buffer       1ul
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你的日子如何,你的力量也必如何!
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dshlove

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-26 15:23:02
sxxuan: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-07-26 16:47:13
引用回帖:
3楼: Originally posted by sxxuan at 2012-07-25 17:15:02
谢谢。
扩增小片段的时候有添加酶切位点。
酶是新买回来的,酶切时间2h,不知道是不是时间长,因为片段小。
菌落PCR,送测序摇菌都是不成功,不能测序。
用的是生工的试剂盒,因为条带很弱,我不敢用太多洗脱。...

酶切位点端,加了保护碱基了吗?
你要看看你的说明书中推荐的反应体系,还有酶切效率。
我建议是不要菌落PCR,直接提质粒,酶切后跑胶,不过你的片段好小,不知道能不能跑得出来。
生工试剂盒不是有个建议洗脱范围嘛,我觉得你那体积还是小了点,个人看法啊。
你说的不能测序,我觉得可能是就没有构建好的质粒,可能是连接过程出问题,而不是酶切过程的问题。
7楼2012-07-25 21:48:17
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dshlove

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sxxuan: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-07-25 17:15:26
小丹木木: 金币+2, 鼓励热心的虫虫,积极交流经验 2012-07-26 15:22:40
你先看看你的小片段中有没有你的酶切位点,有的话,就得换酶了,还要看看你的酶,酶切反应时间长了是不是有其他的酶切活性。
还有,假阳性你是怎么检测的?提出质粒双酶切的?还是菌落PCR?
你的回收试剂盒是什么?最后一步洗脱是不是量太少了,一般至少得40ul,不然得率会很低。
希望能帮上。
2楼2012-07-25 16:51:46
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sxxuan

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dshlove at 2012-07-25 16:51:46
你先看看你的小片段中有没有你的酶切位点,有的话,就得换酶了,还要看看你的酶,酶切反应时间长了是不是有其他的酶切活性。
还有,假阳性你是怎么检测的?提出质粒双酶切的?还是菌落PCR?
你的回收试剂盒是什么? ...

谢谢。
扩增小片段的时候有添加酶切位点。
酶是新买回来的,酶切时间2h,不知道是不是时间长,因为片段小。
菌落PCR,送测序摇菌都是不成功,不能测序。
用的是生工的试剂盒,因为条带很弱,我不敢用太多洗脱。
你的日子如何,你的力量也必如何!
3楼2012-07-25 17:15:02
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84146922

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+2, MolEPI+1, 鼓励发帖帮助解答问题。 2012-07-25 20:05:02
sxxuan: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-07-26 16:41:25
我之前也做过小片段
首先,酶切胶回收时候,用的试剂盒是那个呢?分辨率又是多少呢?可以分辨的最小片段是说少呢?如果量少,多P几管效果会好点。
第二,载体上是否有你的酶切位点呢?一般酶的说明书上,会对小片段或者PCR产物有要求的。
第三,菌落PCR的引物,之前用的时候Tm与现在是否相同呢
希望对你有帮助
4楼2012-07-25 18:26:48
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