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含羞草liu

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[求助] 3' RACE疑问

我提取了RNA,用设计的兼并引物扩出了目的基因的部分序列,然后根据得到的序列设计特异性引物,进行3’ RACE,使用的是Takara的3’Full RACE Core Set Ver.2.0试剂盒。我共设计了两对引物,分别与试剂盒自带的Outer primer进行Outer PCR时,扩出的条带如图1所示。(其中RNA 1 和RNA 2 是我两次提取的RNA,引物1在扩出的部分序列5’端的50bp处,引物2在扩出部分序列5’端的143bp处)。
之前用兼并引物扩出出部分序列,是用的RNA1 反转录成的cDNA为模板的。 当用RNA1进行3’RACE时, 引物1条带很淡,而引物2进却有两条带,同样对于RNA 2,3’RACE的结果也不相同。我很疑惑,RACE可以出现两条带吗?如果是因为引物特异性不高而出现两条带,为什么不同的RNA的结果又不一样呢?这是引物的问题,还是提取的RNA质量的问题呢?还需要进行Inner PCR反应吗?
请各位帮个忙!不胜感激!!!

图1 3’ RACE电泳结果
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jl860822

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