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含羞草liu

新虫 (小有名气)

[求助] 3' RACE疑问

我提取了RNA,用设计的兼并引物扩出了目的基因的部分序列,然后根据得到的序列设计特异性引物,进行3’ RACE,使用的是Takara的3’Full RACE Core Set Ver.2.0试剂盒。我共设计了两对引物,分别与试剂盒自带的Outer primer进行Outer PCR时,扩出的条带如图1所示。(其中RNA 1 和RNA 2 是我两次提取的RNA,引物1在扩出的部分序列5’端的50bp处,引物2在扩出部分序列5’端的143bp处)。
之前用兼并引物扩出出部分序列,是用的RNA1 反转录成的cDNA为模板的。 当用RNA1进行3’RACE时, 引物1条带很淡,而引物2进却有两条带,同样对于RNA 2,3’RACE的结果也不相同。我很疑惑,RACE可以出现两条带吗?如果是因为引物特异性不高而出现两条带,为什么不同的RNA的结果又不一样呢?这是引物的问题,还是提取的RNA质量的问题呢?还需要进行Inner PCR反应吗?
请各位帮个忙!不胜感激!!!

图1 3’ RACE电泳结果
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努力,奋斗,拼搏。。。
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含羞草liu

新虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jl860822 at 2012-07-20 11:28:56
有你的目的条带吗?有的话,拿去直接测一下就知道了,如果没有,那就没用,可能要重新做

因为目的序列是未知的,不知道其准确长度,所以,不知道是否是目的条带……
努力,奋斗,拼搏。。。
3楼2012-07-21 09:18:44
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jl860822

金虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
有你的目的条带吗?有的话,拿去直接测一下就知道了,如果没有,那就没用,可能要重新做

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2012-07-20 11:28:56
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jl860822

金虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 含羞草liu at 2012-07-21 09:18:44
因为目的序列是未知的,不知道其准确长度,所以,不知道是否是目的条带……...

你可以测一下看看到底是什么序列,你总有个实验目的吧,不知道目的序列有点不对吧
4楼2012-07-21 17:39:43
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含羞草liu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jl860822 at 2012-07-21 17:39:43
你可以测一下看看到底是什么序列,你总有个实验目的吧,不知道目的序列有点不对吧...

是这样的,目的序列是未知的,我是根据同源种的序列设计的兼并引物,扩出了一部分序列,再根据这段序列设计特异性引物,进行3’RACE,以扩出其全长。后面还要再进行5’RACE的。因为其准确的序列未知,所以用引物进行RACE扩增时也不知目的条带的长度……
努力,奋斗,拼搏。。。
5楼2012-07-21 19:48:41
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