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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 怎样寻找突变基因
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sdmissing

铁虫 (小有名气)

[求助] 怎样寻找突变基因

分子新手一枚，现有一株诱变后的抗生素高产菌，该菌种抗生素合成途径和相关基因均已明确，也已发现部分调控基因。现欲从基因水平寻找高产原因，在不进行基因组测序的情况下，如何才能尽快找到突变基因呢？望各位大侠不吝赐教，先行谢过，金币随后
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1楼 2012-07-18 10:30:59
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jl860822

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sdmissing: 金币+2, 谢谢回帖 2012-07-18 14:28:23
现在蛋白水平上看，能找到相应蛋白就可以在NCBI搜索其对应的核酸序列，然后设计引物进行扩增，看是否其中的碱基发生突变
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2楼2012-07-18 13:07:21
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sdmissing

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jl860822 at 2012-07-18 13:07:21
现在蛋白水平上看，能找到相应蛋白就可以在NCBI搜索其对应的核酸序列，然后设计引物进行扩增，看是否其中的碱基发生突变

实验室分子平台较为薄弱，很难做到蛋白水平的检测
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3楼2012-07-18 14:29:58
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tiandizao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sdmissing: 金币+2, 谢谢回帖 2012-07-18 20:59:13
相关基因已经确定了，把这些相关基因都pcr获得后，再测序，和原基因对比就可以了吧
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不断的修正问题，改正错误中走向永恒
4楼2012-07-18 15:43:45
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sdmissing

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by tiandizao at 2012-07-18 15:43:45
相关基因已经确定了，把这些相关基因都pcr获得后，再测序，和原基因对比就可以了吧

现在是不敢确定突变位点是否位于合成基因上，还有可能在调控基因，而且合成基因簇很大，90多kb，调控基因还未完全清楚
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5楼2012-07-18 20:58:54
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tiandizao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
sdmissing: 金币+2, 谢谢回帖 2012-07-19 14:08:47
引用回帖:
5楼: Originally posted by sdmissing at 2012-07-18 20:58:54
现在是不敢确定突变位点是否位于合成基因上，还有可能在调控基因，而且合成基因簇很大，90多kb，调控基因还未完全清楚...

那就一步步做，一点都不做，更不好，先确定是不是蛋白氨基酸是否已经改变了，再确定其他的，也许都有改变呢
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不断的修正问题，改正错误中走向永恒
6楼2012-07-19 10:31:44
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sdmissing

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by tiandizao at 2012-07-19 10:31:44
那就一步步做，一点都不做，更不好，先确定是不是蛋白氨基酸是否已经改变了，再确定其他的，也许都有改变呢...

怎样确定氨基酸序列有未变化呢？实验室做蛋白一点平台都没有
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7楼2012-07-19 14:08:34
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tiandizao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by sdmissing at 2012-07-19 14:08:34
怎样确定氨基酸序列有未变化呢？实验室做蛋白一点平台都没有...

该抗生素的产生途径中参与调控的蛋白都已经明确了吧，从已经明确了的蛋白下手，先把序列获得再做比对，就能确定了
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不断的修正问题，改正错误中走向永恒
8楼2012-07-19 14:35:20
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sdmissing

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by tiandizao at 2012-07-19 14:35:20
该抗生素的产生途径中参与调控的蛋白都已经明确了吧，从已经明确了的蛋白下手，先把序列获得再做比对，就能确定了...

只是合成基因明确，调控基因发现了一些。毕竟这是随机突变的，找起来好盲目啊
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9楼2012-07-19 15:41:23
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凡子1985

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-21 13:37:05
不可能从先从蛋白水平看  没这么干的  很简单经典的方法啊 先制作基因库 也可以买 然后转染 涂板在低抗生素平板上能生长 而高抗生素的不能生长 然后对这个克隆提质粒 测序 就知道哪个基因可以回复这种突变 这是非常经典的筛选突变基因的方法
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10楼2012-07-19 19:34:58
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