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haiyanqian木虫 (小有名气)
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同源模建的一些问题
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| 我想问一下，同源模建时是如何确定我的结构保守区，还有就是根据什么来定义helix的长度。看文献都是直接那张序列比对图就出来了。在用Clustal进行序列比对时，那个下面有“：”和“."分别是表示什么意思呀？哪位知道的帮忙回答一下吧，非常感谢！ |
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度_T
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【答案】应助回帖
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haiyanqian: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-07-30 22:16:01
haiyanqian: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-07-30 22:16:01
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clustal 的help里面有关于clustal系列版本的好几篇参考文献，比如说关于clustalX的Thompson,J.D., Gibson,T.J., Plewniak,F., Jeanmougin,F. and Higgins,D.G. (1997) The ClustalX windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools. Nucleic Acids Research, 25:4876-4882. 里边就有提到：The colouring of residues takes place according to physicochemical criteria highlighting conserved positions in the sequences. A consensus line is also displayed below the alignment with the following symbols denoting the degree of conservation observed in each column: ‘*’ (identical residues in all sequences), ‘:’ (highly conserved column), ‘.’ (weakly conserved column).（摘自原文）去看看吧。 |
2楼2012-07-30 18:42:20
haiyanqian
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