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wohaihao

荣誉版主 (著名写手)

保密局的……

[交流] 【讨论】请有经验的朋友探讨一下已有2人参与

我的专业是做有机合成,对药物分子模拟设计也是刚刚接触,所以有诸多浅显问题向坛子里高手请教。
我先说说我目前遇到的问题: 我正在做一种化合物活性测定,这种化合物骨架对于这种活性是比较新颖的,也就是说目前没有人测定过这类化合物这个方面的活性。所以,在pdb bank里就找不到相应的蛋白质。其他化合物的倒是有很多,目前已经合成了一些化合物,也测定了一些活性。想用sybyl预测一下其他将要合成的结构,就是不知道docking时用哪些蛋白质。或选什么样的ligand。不知道我的问题说清楚了吗?
请大家给点建议,谢谢!
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★ ★
wohaihao(金币+8):谢谢 2010-04-28 17:06
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-04-28 17:07
wohaihao(金币+2):再次感谢指点 2010-04-28 17:09
(1)您知道您合成的化合物的活性是针对什么对象而言的吗?
(2)那个对象,一般来说,应该是某种受体蛋白质
(3)可惜的是,目前,还没有测定到那种蛋白质的晶体结构
(4)因此,您可以用同源模建,即利用已知结构的、与您的受体蛋白质序列相似的蛋白质,拟合出您所需要的蛋白质结构
(5)于是,您就可以进行分子对接咯

您如果不知道您的化合物的活性所针对的对象,那就有点幽默了。
2楼2010-04-28 17:00:24
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wohaihao

荣誉版主 (著名写手)

保密局的……

引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2010-04-28 17:00:24:
(1)您知道您合成的化合物的活性是针对什么对象而言的吗?
(2)那个对象,一般来说,应该是某种受体蛋白质
(3)可惜的是,目前,还没有测定到那种蛋白质的晶体结构
(4)因此,您可以用同源模建,即利用已知 ...

不知道同源模建,sybyl是否可以做。因为刚刚接触这个课题,所以目前还是一头雾水,见谅!
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3楼2010-04-28 17:08:50
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚


ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-28 19:00
wohaihao(金币+20):希望季后能得到您的指点,谢谢 2010-04-28 21:31
Sybyl当然能够同源模建。
4楼2010-04-28 18:48:24
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