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wohaihao荣誉版主 (著名写手)
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【讨论】请有经验的朋友探讨一下 已有2人参与
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我的专业是做有机合成，对药物分子模拟设计也是刚刚接触，所以有诸多浅显问题向坛子里高手请教。 我先说说我目前遇到的问题： 我正在做一种化合物活性测定，这种化合物骨架对于这种活性是比较新颖的，也就是说目前没有人测定过这类化合物这个方面的活性。所以，在pdb bank里就找不到相应的蛋白质。其他化合物的倒是有很多，目前已经合成了一些化合物，也测定了一些活性。想用sybyl预测一下其他将要合成的结构，就是不知道docking时用哪些蛋白质。或选什么样的ligand。不知道我的问题说清楚了吗？ 请大家给点建议，谢谢！ |
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wohaihao(金币+8):谢谢 2010-04-28 17:06
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-04-28 17:07
wohaihao(金币+2):再次感谢指点 2010-04-28 17:09
wohaihao(金币+8):谢谢 2010-04-28 17:06
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-04-28 17:07
wohaihao(金币+2):再次感谢指点 2010-04-28 17:09
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（1）您知道您合成的化合物的活性是针对什么对象而言的吗？ （2）那个对象，一般来说，应该是某种受体蛋白质 （3）可惜的是，目前，还没有测定到那种蛋白质的晶体结构 （4）因此，您可以用同源模建，即利用已知结构的、与您的受体蛋白质序列相似的蛋白质，拟合出您所需要的蛋白质结构 （5）于是，您就可以进行分子对接咯 您如果不知道您的化合物的活性所针对的对象，那就有点幽默了。 |
2楼2010-04-28 17:00:24
wohaihao
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3楼2010-04-28 17:08:50
yalefield
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4楼2010-04-28 18:48:24
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