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cpshang

铜虫 (小有名气)

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[交流] PCR总的延伸目的

大家好！想请教个问题，PCR中总的延伸目应该是充分使单链扩增完整吧，但是有一点不太明白，如果在循环过程中，单链扩增的不够长，那么另一端引物的结合区应该也会缺失，这样扩增也无法进行下去，但事实并不是这样。
想听听大家对总的延伸的目的的理解，谢谢！

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1楼 2012-07-16 22:28:11

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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)

MolEPI: 3
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虫号: 1887475

★ ★ ★ ★ ★
cpshang(金币+1): 谢谢参与
cpshang: 金币+4, 非常感谢！原来如此！！！ 2012-07-17 17:18:56

elongation的目的你是对的

对于时间不足的elongation
1、如果每个循环的时间一样（都不足）——那么最终的PCR产物都是5’端或3’端片段缺失的短片段（短于模板）
原因是：尽管没有扩增完全但这些短片产物还是可以与某一种primer（各自对应5’端和3’端）结合而在下一循环里继续用于扩增

2、只有某一个循环的elongation时间不足——最后的产物中既有与模板几乎相同的完整DNA 也有缺失某端序列的短DNA片段（为了方便我把这两种分别称为大片段和小片段）
这是由于小片段仍然能够在下一循环中与自己对应的primer结合并进行扩增（跟情况1相同）
但是还有另外一种状况就是小片段在进入新的循环之后也可能和大片段（完整片段）结合那么这种状况下小片段会被补完变成大片段——而对于整个PCR实验来说因为大片段并没有全部与primer结合所以总产物的量会低于预期（具体低多少是要看这个短循环的是第几次循环以及它后面循环的次数