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cpshang

铜虫 (小有名气)

[交流] PCR总的延伸目的

大家好！想请教个问题，PCR中总的延伸目应该是充分使单链扩增完整吧，但是有一点不太明白，如果在循环过程中，单链扩增的不够长，那么另一端引物的结合区应该也会缺失，这样扩增也无法进行下去，但事实并不是这样。
想听听大家对总的延伸的目的的理解，谢谢！
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1楼 2012-07-16 22:28:11
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coal@live.cn

新虫 (小有名气)
★
cpshang(金币+1): 谢谢参与
如果单链没有延伸至另一端引物结合位点，结果肯定没有条带。
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2楼2012-07-16 22:44:24
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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
cpshang(金币+1): 谢谢参与
cpshang: 金币+4, 非常感谢！原来如此！！！ 2012-07-17 17:18:56
elongation的目的 你是对的

对于时间不足的elongation
1、如果每个循环的时间一样（都不足）——那么最终的PCR产物都是5’端或3’端片段缺失的短片段（短于模板）
原因是：尽管没有扩增完全 但这些短片产物还是可以与某一种primer（各自对应5’端和3’端）结合 而在下一循环里继续用于扩增

2、只有某一个循环的elongation时间不足——最后的产物中既有与模板几乎相同的完整DNA 也有缺失某端序列的短DNA片段 （为了方便 我把这两种分别称为大片段和小片段）
这是由于小片段仍然能够在下一循环中与自己对应的primer结合并进行扩增 （跟情况1相同）
但是还有另外一种状况就是 小片段在进入新的循环之后 也可能和大片段（完整片段）结合 那么这种状况下 小片段会被补完 变成大片段——而对于整个PCR实验来说 因为大片段并没有全部与primer结合 所以 总产物的量会低于预期（具体低多少是要看这个短循环的是第几次循环 以及它后面循环的次数
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3楼2012-07-17 09:19:21
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