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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 定点突变位置的确定
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hxy2011

金虫 (小有名气)

[求助] 定点突变位置的确定

如果在酶蛋白的氨基酸三级结构中，一个A氨基酸离酶的活性中心比较远。在将这个氨基酸突变成另一B氨基酸后，突变后的B氨基酸会和其他的氨基酸多形成以个氢键，那么这个氨基酸可不可以作为定点突变点呢？
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1楼 2012-07-11 20:31:02
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jilinjohn

至尊木虫 (著名写手)
完全看不懂 楼主没有阐明什么意思？
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http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=696776&view=old
2楼2012-07-12 08:30:15
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hxy2011

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jilinjohn at 2012-07-12 08:30:15
完全看不懂 楼主没有阐明什么意思？

意思是说，假设一个酶蛋白分子上的一个氨基酸A离此酶的活性中心比较远，但我打算突变这个氨基酸，假设要突变成氨基酸B。突变后的氨基酸B与原来的氨基酸A相比，B会与周围氨基酸多形成一氢键，问多了一个氢键后酶的催化活性方面会不会有所改变？
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3楼2012-07-12 08:39:19
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-07-12 13:44:45
引用回帖:
3楼: Originally posted by hxy2011 at 2012-07-12 08:39:19
意思是说，假设一个酶蛋白分子上的一个氨基酸A离此酶的活性中心比较远，但我打算突变这个氨基酸，假设要突变成氨基酸B。突变后的氨基酸B与原来的氨基酸A相比，B会与周围氨基酸多形成一氢键，问多了一个氢键后酶的催 ...

我觉得有这种可能，但是突变远离活性位点的氨基酸对活性以及底物特异性的改变并不是因为B与周围氨基酸是否会多形成氢键这样的原因导致的，一般远离的位点对酶活性的影响因素包括：对底物进入和产物释放通道大小的改变，表面残基的电荷特性等。你要研究这些点，最好用饱和定点突变或者定向进化，单纯的定点突变一般来说不足以说明问题
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4楼2012-07-12 11:51:50
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hxy2011

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-12 11:51:50
我觉得有这种可能，但是突变远离活性位点的氨基酸对活性以及底物特异性的改变并不是因为B与周围氨基酸是否会多形成氢键这样的原因导致的，一般远离的位点对酶活性的影响因素包括：对底物进入和产物释放通道大小的改 ...

如果要看这个氨基酸是否在底物进入或产物释放的通道上，有没有软件可以预测呢？
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5楼2012-07-12 15:53:02
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-13 18:06:32
引用回帖:
5楼: Originally posted by hxy2011 at 2012-07-12 15:53:02
如果要看这个氨基酸是否在底物进入或产物释放的通道上，有没有软件可以预测呢？...

有~pymol的插件caver~具体在哪google一下就有了~呵呵~我以前做过类似的研究~
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6楼2012-07-12 16:30:22
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aqiao

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-13 18:06:42
DS 3.0有定点突变的设计。
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7楼2012-07-12 17:58:18
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