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lammps生成结构以及siesta参数设置问题
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大家好，我想做一个铜电极， （1）我用lammps直接生成的16个原子坐标，我用matlab做出的图看起来到没啥问题，只是不知道能否直接输入到siseta里面，向大家请教。 units metal boundary p p p atom_style atomic lattice fcc 3.615 orient x -1 1 0 orient y -1 -1 2 orient z 1 1 1 region box block 0 1 0 1 0 1 create_box 1 box create_atoms 1 box pair_style eam/alloy pair_coeff * * Cu_mishin1.eam.alloy Cu write_restart lower_sort.data ############################################## ############################################## （2）然后用siesta来直接优化，不知道哪里的设置问题，我的优化过程花了很长时间，而且优化后的原子坐标改变很大，这里是不是结构出问题了呀，按照guangping兄弟的建议我得Kpoints再反复尝试中，除了Kpoints我哪里的参数设置还需要改一下呀。求助求助呀。。 SystemName bulk SystemLabel bulk ================================================== ================================================== # SPECIES AND BASIS # Number of species NumberOfSpecies 1 %block ChemicalSpeciesLabel 1 29 Cu %endblock ChemicalSpeciesLabel PAO.BasisType split PAO.BasisSize SZP PAO.EnergyShift 50 meV ================================================== ================================================== # K-points %block kgrid_Monkhorst_Pack 6 0 0 0.0 0 6 0 0.0 0 0 1 0.5 %endblock kgrid_Monkhorst_Pack ================================================== ================================================== # UNIT CELL LatticeConstant 1 Ang %block LatticeVectors 5.11238 0 0 0 5.90327 0 0 0 6.26136 %endblock LatticeVectors # Atomic coordinates NumberOfAtoms 16 AtomicCoordinatesFormat Ang %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 2.5562 0.0000 0.0000 1 1.2781 2.2137 0.0000 1 3.8343 2.2137 0.0000 1 0.0000 0.0000 0.0000 1 1.2781 0.7379 2.0871 1 3.8343 0.7379 2.0871 1 0.0000 4.4275 0.0000 1 2.5562 4.4275 0.0000 1 2.5562 2.9516 2.0871 1 1.2781 5.1654 2.0871 1 3.8343 5.1654 2.0871 1 0.0000 2.9516 2.0871 1 0.0000 1.4758 4.1742 1 1.2781 3.6895 4.1742 1 3.8343 3.6895 4.1742 1 2.5562 1.4758 4.1742 1 %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies ================================================== ================================================== # General variables ElectronicTemperature 300 K OccupationFunction MP MeshCutoff 350. Ry xc.functional LDA # Exchange-correlation functional xc.authors CA SpinPolarized .false. ================================================== ================================================== SolutionMethod Diagon ================================================== ================================================== # SCF variables DM.MixSCF1 T MaxSCFIterations 300 # Maximum number of SCF iter DM.MixingWeight 0.01 # New DM amount for next SCF cycle DM.Tolerance 1.d-4 # Tolerance in maximum difference DM.UseSaveDM true # to use continuation files DM.NumberPulay 3 DM.NumberKick 50 DM.KickMixingWeight 0.05 Diag.DivideAndConquer no ================================================== ================================================== # MD variables MD.FinalTimeStep 1 MD.TypeOfRun CG MD.NumCGsteps 100 MD.UseSaveXV .true. MD.VariableCell .true. ================================================= ================================================= ================================================== ================================================== # Output variables WriteMullikenPop 1 WriteBands .false. #SaveRho .true. #SaveDeltaRho .true. SaveHS .false. #SaveElectrostaticPotential .true. #SaveTotalPotential .true. #SaveIonicCharge .true. #SaveTotalCharge .true. WriteCoorXmol .true. WriteMDXmol .true. #animation created WriteMDhistory .false. #WriteEigenvalues yes ================================================== ================================================== [ Last edited by 天地逍遥 on 2012-7-10 at 07:52 ] |
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