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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 请问有什么方法可以通过实验证明生物信息学预测到的microRNA
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tiancai2000

金虫 (初入文坛)

[求助] 请问有什么方法可以通过实验证明生物信息学预测到的microRNA

我试着提取大豆材料的小分子RNA，加接头反转录，然后用microRNA序列为正向引物，接头序列为反向引物进行PCR，克隆测序，结果从获得的序列也很难确定我预测的这个序列是一个microRNA。
求教各位虫友，当用生物信息学的方法预测到一个microRNA后，能否用分子实验方法证明。
先谢过！
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1楼 2012-07-09 17:30:19
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shenye.judy

木虫 (正式写手)
那多设计几个5‘端的引物，这个也比较便宜，或者直接用5’接头序列做引物也可以试试。
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4楼2012-07-11 10:55:50
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shenye.judy

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
tiancai2000: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-07-10 15:44:58
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-11 13:48:11
你的方法理论上是可以的，但如果miRNA正向引物跟ｍｉＲＮＡ一样长就不行了。你可以考虑５端再加个街头？这样你的５‘端的引物设计可能会好些，结果又说服力些？我记得南农有个老师做过预测、验证这方面的实验，你可以去查查，做过马铃薯之类的。
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2楼2012-07-09 19:52:13
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tiancai2000

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shenye.judy at 2012-07-09 19:52:13
你的方法理论上是可以的，但如果miRNA正向引物跟ｍｉＲＮＡ一样长就不行了。你可以考虑５端再加个街头？这样你的５‘端的引物设计可能会好些，结果又说服力些？我记得南农有个老师做过预测、验证这方面的实验，你可 ...

非常感谢你提出的建议，受到你的启发我不知道这样是不是可行：在5‘端再加个接头，然后用含有接头的部分序列加上miRNA5‘端的部分序列作为引物进行扩增（因为我要克隆的是一个特定的microRNA)。不过我有一个担心，我不知道预测的5‘端边界是否准确，以至于会克隆到不是我想要的序列。
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3楼2012-07-10 15:44:30
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bullfrog325

木虫 (正式写手)
如果预测的小RNA序列是新的, 也可以做一个northern blot.
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tiancai2000
5楼2013-05-11 21:39:57
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