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tiancai2000

金虫 (初入文坛)

[求助] 请问有什么方法可以通过实验证明生物信息学预测到的microRNA

我试着提取大豆材料的小分子RNA,加接头反转录,然后用microRNA序列为正向引物,接头序列为反向引物进行PCR,克隆测序,结果从获得的序列也很难确定我预测的这个序列是一个microRNA。
求教各位虫友,当用生物信息学的方法预测到一个microRNA后,能否用分子实验方法证明。
先谢过!
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bullfrog325

木虫 (正式写手)

如果预测的小RNA序列是新的, 也可以做一个northern blot.

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5楼2013-05-11 21:39:57
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shenye.judy

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
tiancai2000: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-07-10 15:44:58
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-11 13:48:11
你的方法理论上是可以的,但如果miRNA正向引物跟miRNA一样长就不行了。你可以考虑5端再加个街头?这样你的5‘端的引物设计可能会好些,结果又说服力些?我记得南农有个老师做过预测、验证这方面的实验,你可以去查查,做过马铃薯之类的。
2楼2012-07-09 19:52:13
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tiancai2000

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by shenye.judy at 2012-07-09 19:52:13
你的方法理论上是可以的,但如果miRNA正向引物跟miRNA一样长就不行了。你可以考虑5端再加个街头?这样你的5‘端的引物设计可能会好些,结果又说服力些?我记得南农有个老师做过预测、验证这方面的实验,你可 ...

非常感谢你提出的建议,受到你的启发我不知道这样是不是可行:在5‘端再加个接头,然后用含有接头的部分序列加上miRNA5‘端的部分序列作为引物进行扩增(因为我要克隆的是一个特定的microRNA)。不过我有一个担心,我不知道预测的5‘端边界是否准确,以至于会克隆到不是我想要的序列。
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3楼2012-07-10 15:44:30
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shenye.judy

木虫 (正式写手)

那多设计几个5‘端的引物,这个也比较便宜,或者直接用5’接头序列做引物也可以试试。
4楼2012-07-11 10:55:50
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