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histoday

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by joan198108 at 2012-07-09 08:41:20
有几个可能的原因:
1.酶的问题,采用延伸能力比较强的酶
2.引物问题,看看引物之间以及本身的配对碱基情况
3.模板问题,GC含量高或者产生内部形成复杂的二级结构,考虑使用GC buffer以及扩增体系中加入甘油等物 ...

您说的延伸能力比较强的酶是什么酶?内部是否形成复杂二级结构我怎么能看出来?
11楼2012-07-09 10:18:16
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kwkw

木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by histoday at 2012-07-08 16:01:48
因为我的模板量不多,我先配50ul体系,然后平均分成10ul体系跑PCR,不知道这样有没有影响??...

理论上没有影响,不过体系这么小,中间来点蒸发就没什么了,为什么不配20ul试一下,另外你用的模板量是不是太少,如果TOUVHDOWN都跑不出来,应该是你的引物跟你的模板不能匹配,可能要重新设计引物。
再苦:也别忘记坚持!再烦:也别忘记微笑!再急:也要注意语气!再累:也要爱自己!低调做人,你会一次比一次稳健。高调做事,你会一次比一次优秀!
12楼2012-07-09 13:53:46
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joan198108

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by histoday at 2012-07-09 10:18:16
您说的延伸能力比较强的酶是什么酶?内部是否形成复杂二级结构我怎么能看出来?...

延伸能力强的酶的话,就比如TaKaRa的LA Taq延伸能力就优于普通Taq酶。二级结构可以通过软件预测一下,你可以到网上搜搜。
13楼2012-07-09 14:36:00
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我是小纯洁

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-07-11 13:38:22
建议巢式PCR,楼上说的touchdown,真心没有巢式来的实在。我也是有几个基因移植扩不出来,试过各种温度,各种PCR方法,最后还是巢式PCR管用。基本一次成功。具体方法去网上搜搜吧,原理很简单。
14楼2012-07-09 16:03:23
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我是小纯洁

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

http://www.idtdna.com/analyzer/A ... alyzer/Default.aspx,预测二级结构的网站,问问你们同学或者老板怎么用。我在网上给你说不清楚。
15楼2012-07-09 16:04:47
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histoday

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
14楼: Originally posted by 我是小纯洁 at 2012-07-09 16:03:23
建议巢式PCR,楼上说的touchdown,真心没有巢式来的实在。我也是有几个基因移植扩不出来,试过各种温度,各种PCR方法,最后还是巢式PCR管用。基本一次成功。具体方法去网上搜搜吧,原理很简单。

您做巢式时用的什么酶呢?您能不能把您以前做的产物序列和引物发给我呢?我想看看具体两个引物在什么位置。
16楼2012-07-10 15:43:07
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380665135

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你可以试一下LA taq 加GC buffer 2 ,这个酶对扩增条件不高 能帮助打开二级结构
17楼2012-07-10 17:19:15
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我是小纯洁

金虫 (正式写手)

引用回帖:
16楼: Originally posted by histoday at 2012-07-10 15:43:07
您做巢式时用的什么酶呢?您能不能把您以前做的产物序列和引物发给我呢?我想看看具体两个引物在什么位置。...

普通taq。具体方法在网上找资料,别老想着伸手要。所谓巢式,就是大括号包着小括号一样。
18楼2012-07-10 22:29:19
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histoday

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
18楼: Originally posted by 我是小纯洁 at 2012-07-10 22:29:19
普通taq。具体方法在网上找资料,别老想着伸手要。所谓巢式,就是大括号包着小括号一样。...

做过巢式,没扩出来……
19楼2012-07-11 19:21:49
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histoday

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
17楼: Originally posted by 380665135 at 2012-07-10 17:19:15
你可以试一下LA taq 加GC buffer 2 ,这个酶对扩增条件不高 能帮助打开二级结构

谢谢,这个酶也用过了……
20楼2012-07-11 19:22:43
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