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aywater

木虫 (正式写手)

[求助] 做irc后计算反应物、产物、过渡态能量时，是否要加opt命令？

请教一个问题，TS做出的过渡态，做irc后计算反应物、产物、过渡态能量时，是否要加opt命令？
能否直接取irc提取出的反应物和产物的结构，不优化而直接计算能量？
若取没有优化，直接IRC提取出来的结果进行能量和频率计算，发现反应物有个小虚频，-110. 这样的结果不能用吧，是不是反应和产物要进行优化，而过渡态直接提取结构计算能量即可？

[ Last edited by aywater on 2012-7-5 at 17:17 ]
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1楼 2012-07-05 17:15:45
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chuanan027

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2012-07-06 14:15:46
你是直接先优化的过渡态啊？IRC出来的反应物和产物的话，肯定要优化的。因为我们要的是全优化的结果，IRC出来的只能说是优化不完全的物种。不支持先优化过渡态再IRC来找反应物和产物，一般都是先优化好反应物或（和）产物再来优化过渡态的。你可以看看小卒写的《优化过渡态之前要知道的事》（好像是这个名字）。
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Timeandtidewaitfornoman.Comeon,baby!
2楼2012-07-06 12:40:23
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aywater

木虫 (正式写手)
我是做丙二腈水解路径分析。一种路径生成胺，这个我已经做出来了。另一种是猜测能生成氰，这个做不出来。所以只有先猜测过渡态，用opt（TS）+freq命令优化找到过渡态，然后再根据推测反应路径。这里有个问题：计算总能量时，反应物的能量是指丙二腈和水的复合体的优化后的总能？还是单独优化丙二腈和水后计算各自能量之和作为反应物的总能？
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3楼2012-07-09 20:39:07
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