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[求助]
Openbabel求教
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不知道谁用过Openbabel吗？我用的是OpenbabelGUI，里边提供了4种指纹，MACCS、FP2、FP3、FP4。我想知道有没有提供指纹对照表，也就是我怎样确定生成的指纹的含义。求赐教。希望有这方面经验的能给我指点一下。非常感激！ |
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yalefield
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yljsea2楼2012-07-05 11:35:26
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【答案】应助回帖
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从指纹反推出子结构，对于简单类型的指纹定义来说是可以的；但如您所说，现在大部分指纹都是“多层次”的，因此，应该说，反推是一个Impossible Mission（就像假设阿汤不再离婚）。 多层（或者叫多级）指纹的定义比较复杂，俺不建议您追究这个事情； 分子指纹设计的目的，只是比较分子结构的相似性，以及观察大量分子结构的分类（聚类）情况，并不是要反推结构（因为您是先有结构、再算指纹）。 原则上，任何不以结婚为目的的恋爱基本上都属于耍流氓，因此，任何不以比较分子相似性而试图反推结构的尝试，都属于...... 不知您的导师是哪位，怎么往这个沟里带您？或者说，有啥创新性的想法，不想让俺知道？ 不开玩笑了。Sybyl，Discovery Studio和MOE这类大型药物设计软件，因为是商业化的，所以说明书都比较规范，您可以查阅它们关于分子指纹的解释。OpenBabel因为是开放软件，文档就不那么严格了。 |
4楼2012-07-06 00:58:49